海洋委員會海巡署

2018年4月28日組織調整前，三位副署長中一位為政務、二位為常務（中將、警監特階或簡任十四職等），下屬兩個機關最高階職務分別為：海岸巡防總局總局長（軍職，中將）、海洋巡防總局總局長（警職，警監一階）；在組織調整後，已無總局編制，雖未明文規定，但目前編制副署長兩人：「一人為軍職、一人為警職」已成為人事任用慣例，副署長職務也變成目前內部晉升的頂點。

• 許靜芝（陸軍中將，現任）

• 張忠龍（警監一階，現任）

• 署長1人（海洋委員會副主任委員兼任，可政務官任用，或列簡任第十四職等或中將或警監特階）
  • 副署長2人（簡任第十二職等至第十三職等或中將或警監）
    • 主任秘書1人（簡任第十一職等至第十二職等或少將或警監）
    • 主任1人（簡任第十一職等至第十二職等或少將或警監）
    • 組長6人（簡任第十一職等至第十二職等或少將或警監）
      • 參議18人（簡任第十職等至第十一職等或少將、上校或警監）
      • 副組長7人（簡任第十職等至第十一職等或少將、上校或警監）
      • 簡任技正1人（簡任第十職等）
      • 室主任1人（薦任第九職等至簡任第十職等或上校、中校或警正）
      • 主任13人（薦任第九職等至簡任第十職等或上校、中校或警正）
      • 專門委員12人（薦任第九職等至簡任第十職等或上校、中校或警正）
        • 科長26人（薦任第九職等或中校或警正）
        • 秘書9人（薦任第八職等至第九職等或中校或警正）
        • 技正4人（薦任第八職等至第九職等或中校）
        • 分析師3人（薦任第八職等至第九職等或中校）
        • 視察26人（薦任第八職等至第九職等或中校或警正）
        • 專員33人（薦任第七職等至第九職等或中校、少校或警正）
        • 設計師3人（薦任第六職等至第八職等或中校、少校、上尉）
        • 科員141人（委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或少校、上尉、中尉、警佐或警正）
        • 技士10人（委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或少校、上尉、中尉）
          • 技佐5人（委任第四職等至第五職等或中尉、少尉、士官）
          • 助理設計師6人（委任第四職等至第五職等或中尉、少尉、士官）
          • 助理員20人（委任第四職等至第五職等或中尉、少尉、士官）
          • 辦事員12人（委任第三職等至第五職等或中尉、少尉、士官）
          • 書記11人（委任第一職等至第三職等或士官）

• 巡防組（組長為簡任第十二職等或少將或警監二階）：下設災害防救科、海域執法科、安檢勤務科、安全防護科、勤務指揮科
  • 另任務編組勤務指揮中心，由巡防組參議（簡任第十一職等或上校或警監三階）擔任勤務指揮中心主任。
• 情報組（組長為簡任第十二職等或少將或警監二階）：下設第一科、第二科、第三科、第四科、第五科。
• 後勤組（組長為簡任第十二職等或少將或警監二階）：下設裝備科、採購科、補保科、營工科。
• 通電資訊組（組長為簡任第十二職等或少將或警監二階）：下設資通安全科、監控系統科、資訊系統科、通信系統科。
• 企劃組（組長為簡任第十二職等或少將或警監二階）：下設綜合計劃科、管制考核科、政策研展科。
• 督察組（組長為簡任第十二職等或少將或警監二階）：下設督察科、檢驗科、法規科。
• 人事室（主任為簡任第十職等或上校或警監四階）：下設人力規劃科、任免遷調科、考核訓練科、給與福利科。
• 秘書室（主任為簡任第十職等或上校或警監四階）：下設總務科、文書科、公關科。
• 主計室（主任為簡任第十職等或上校或警監四階）：下設預算科、稽核科、會計科、統計科。
• 政風室（主任為簡任第十職等或上校或警監四階）：下設查處稽核科、預防維護科。

巡防區指揮部，負責海巡隊、岸巡隊及查緝隊之勤務統合、指揮、管制及運用：[18]

• 第一（宜蘭）巡防區指揮部：與北部分署第一岸巡隊合署辦公。
• 第二（基隆）巡防區指揮部：與北部分署第二岸巡隊合署辦公。
• 第三（新竹）巡防區指揮部：與北部分署第八岸巡隊合署辦公。
• 第四（中彰）巡防區指揮部：與中部分署第三岸巡隊合署辦公。
• 第五（雲嘉）巡防區指揮部：與中部分署第四岸巡隊合署辦公。
• 第六（台南）巡防區指揮部：與南部分署第一一岸巡隊合署辦公。
• 第七（高雄）巡防區指揮部：與南部分署第五岸巡隊合署辦公。
• 第八（屏東）巡防區指揮部：與南部分署第六岸巡隊合署辦公。
• 第九（花蓮）巡防區指揮部：與東部分署第一二岸巡隊合署辦公。
• 第十（台東）巡防區指揮部：與東部分署第一三岸巡隊合署辦公。
• 第十一（馬祖）巡防區指揮部：與金馬澎分署第一〇岸巡隊合署辦公。
• 第十二（金門）巡防區指揮部：與金馬澎分署第九岸巡隊合署辦公。
• 第十三（澎湖）巡防區指揮部：與金馬澎分署第七岸巡隊合署辦公。

• 艦隊分署（分署長為簡任第十一職等至第十二職等或警監或少將）
  • 15個海巡隊（巡護船及巡防艇）
  • 北部、中部、南部及東部地區機動海巡隊（巡防艦）
  • 直屬船隊（巡護船）

• 北部分署（分署長為簡任第十一職等至第十二職等或警監或少將）
  • 第一、第二及第八岸巡隊
    • 所屬岸巡中隊、安檢所及機動巡邏站

• 中部分署（分署長為簡任第十一職等至第十二職等或警監或少將）
  • 第三及第四岸巡隊
    • 所屬岸巡中隊、安檢所及機動巡邏站

• 南部分署（分署長為簡任第十一職等至第十二職等或警監或少將）
  • 第五、第六及第十一岸巡隊
    • 所屬岸巡中隊、安檢所及機動巡邏站

• 東部分署（分署長為簡任第十一職等至第十二職等或警監或少將）
  • 第十二及第十三岸巡隊
    • 所屬岸巡中隊、安檢所及機動巡邏站

• 金馬澎分署（分署長為簡任第十一職等至第十二職等或警監或少將）
  • 第七、第九及第十岸巡隊
    • 所屬岸巡中隊、安檢所及機動巡邏站

• 東南沙分署（分署長為簡任第十一職等至第十二職等或警監或少將）
  • 東沙指揮部
  • 南沙指揮部

• 偵防分署（分署長為簡任第十一職等至第十二職等或警監或少將）
  • 20個查緝隊、偵防查緝隊
  • 特勤隊
    • 空勤吊掛分隊

• 教育訓練測考中心（主任為簡任第十一職等或警監或少將）：
  • 學員隊

• 
  艦艇舷側標誌
• 
  臂章
• 
  帽徽

署徽[19]

• 國徽：象徵效忠中華民國，保護疆域之意涵
• 金黃色警鴿：象徵警戒、和平、效率
• 金黃色法龍[20]：象徵保護疆域、沿海、維護人民安全
• 白色天秤：象徵公平

艦艇舷側標誌[21]

• 紅色象徵犧牲奉獻的服務精神
• 白色「T」代表台灣英文字之首字
• 藍色象徵海洋

整個連貫起來就有服務台灣海域之隱含意義；原意就是「守護台灣」。

特勤隊臂章

1. 創作理念說明：代表海巡署之金色法龍，挾宇宙之能量與當狀況發生時，以迅雷不及掩耳之速度、最佳武力，打擊犯罪、維護治安。
2. 圖案理念說明：
   • 簡單明確、大方醒目且立意清晰。
   • 容易製作小型紀念徽章。
   • 中英對照與臺灣識別正確、清楚。
3. 圖例說明：
   • 金黃色法龍：維護正義、捍衛海疆、保障人民安全。
   • 白色天秤：象徵公正、公平與公開之無私無我精神。
   • 金黃色閃電：象徵特勤隊成員行動之速度與其雷霆  萬鈞之氣勢。
   • 黑色三叉：海中霸權之象徵，代表武裝能量、絕對威勢之執法象徵。

空勤吊掛分隊臂章

• 紅十字：象徵拯救傷病。
• 直升機：執行海上救難的重要載具。
• 搜救員：象徵執行吊掛任務猶如命懸一線。

• 
  海巡旗
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  署長旗
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  副署長旗
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  分署長旗
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  副分署長旗
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  各單位旗

海巡署艦隊分署所屬巡護船因勤務及船別特殊性，船上分工係由警職人員負責執法及登檢，船務人員負責船舶航行當值。船務人員參照商貨輪海員階級章及海軍袖章佩階。

自海巡署成立以來，艦艇上的中、英文標示歷來皆是朝野政壇爭議的焦點，從最初的「R.O.C COAST GUARD」，至2005年12月6日，南投艦編成典禮時，新增紅白藍相間的「T」字型舷側標誌[24]。2021年2月新增「TAIWAN」字樣，媒體隨即傳出是由國安高層直接下令指導，海巡署立刻發文否認為上層越級指導政策，然總統府發言人張惇涵隨後在臉書粉專上公開說明，船身「更清楚辨識、更安全執法，正是蔡英文的指示」。海巡署因此對外致歉並收回新聞稿[25]。

內政部空勤總隊購機案因各種因素延宕多年，2009年莫拉克風災後，決議撥交15架陸軍新購黑鷹直升機供空勤總隊操作使用，然海巡署現有艦艇設計之初並未考量起降黑鷹直升機，縱使艦體足堪負荷，然甲板長度、最大負重量等安全係數過低，另一方面，空勤黑鷹為陸基型起落架設計與海軍直升機不同，亦不適合進行艦上起降，終遭監察院糾正批評：「海巡署只管造艦不管機、空勤總隊只管購機不管艦。」前內政部長李鴻源亦批評：「內政部要海豚，國家卻給黑鷹。」並砲轟馬政府這項決策過程缺少腦袋[26]。

一艘搭載四位中華人民共和國籍及一位美國籍乘客的遊艇從中國大陸福建泉州出港，預定前往日本沖繩，2023年5月27日，因避颱獲准同意泊靠澎湖馬公第一漁港亞果碼頭，但遊艇上的人員未經許可擅自登島，海巡署馬公商港林姓上尉副所長，明知需有公文才能讓對方上岸，卻直接放行，還對上岸人員說：“‘我點名的時候你們要到。’、‘你們自己跑掉，被抓到要自己負責。’、‘我一定會說我有管制你們，是你們自己跑掉了。’”更誇口直言：“‘我們就互相啦。’、‘海關、移民署要過來要一段時間，他們很近，但他們很懶。’、‘東摸摸西摸摸，接到通知再慢慢出來。’”表明就是想讓對方偷渡。事件一爆發，林姓副所長隨即遭拔官懲戒，並調離現有單位，調整為非主管職務[27]。

2024年2月14日，一艘大陸籍快艇於金門附近限制水域捕魚，遭到海巡署第九海巡隊追撞，造成兩名大陸籍漁民死亡，而海巡署及相關部門對此事件說詞反覆，先是說明快艇船員落海是因為他們蛇行導致翻覆並聲稱沒有事發當下的錄影檔案，直到大陸生還漁民指控該快艇為海巡船撞擊落海後，並改口承認「兩方有發生碰撞」。