被囊动物亚门

被囊动物與有頭類（包括盲鰻、七鰓鰻和有下頜的脊椎動物）的相關，比較與諸如文昌魚、棘皮動物、半索动物（hemichordates）、异涡虫（Xenoturbella）或其他無脊椎動物的相關更密切[3][4][5]。由於其結構相對簡單，被囊動物曾被認為是脊索動物的早期分支，但近年以分子支序親緣學分析基因組數據，較多研究支持頭索動物才是脊索動物的早期分支，而被囊動物則是脊椎動物的姊妹群。

包括有被囊动物亚门和脊索動物的支序叫做嗅球類（Olfactores）支序[6][7]。

被囊动物亚门包括約莫三千個已描述的物種[8]，傳統上分成下列三個綱：

• 海鞘纲（Ascidiacea ：Aplousobranchia、Phlebobranchia及Stolidobranchia）
• 樽海鞘纲（Thaliacea：Pyrosomida、Doliolida及Salpida）
• 尾海鞘纲（Appendicularia：Larvacea）

在2011年，一項有關濾食性海鞘及捕食性海鞘的分子支序親緣學研究將這些海鞘物種的rDNA進行排序，確認這些物種間的關係，原深水海鞘綱（Sorberacea）的成員都被併入到海鞘綱[9]的Molgulidae科中[10][11]。儘管傳統的分類仍然接受，較新的證據認為海鞘綱其實仍然是一個由並系群組成的人造群組[12][13]。

以下分支圖基於 Delsuc 及其同事 2018 年的系統基因組學研究[14]