陳冲內閣

※備註：

1. 粗體除彭淮南為蕭萬長內閣續任者外均為吳敦義內閣續任者。
2. 斜體為行政院組織再造後將被裁撤或降級之部會。

• 內政部政務次長：簡太郎國民
• 內政部常務次長：曾中明
• 外交部政務次長：石定、柯森耀
• 外交部常務次長：史亞平 國民
• 國防部軍政副部長：楊念祖
• 國防部軍備副部長：高廣圻
• 國防部常務次長：廖榮鑫、孫玦新
• 經濟部政務次長：梁國新
• 經濟部常務次長：杜紫軍、卓士昭
• 財政部政務次長：曾銘宗、張佩智
• 財政部常務次長：黃定方
• 教育部政務次長：陳益興、黃碧端
• 教育部常務次長：陳德華
• 交通部政務次長：葉匡時國民
• 交通部常務次長：陳建宇
• 法務部政務次長：陳守煌、吳陳鐶
• 法務部常務次長：蔡茂盛
• 文化部政務次長：張雲程、林金田
• 文化部常務次長：許秋煌
• 僑務委員會副委員長：任弘、呂元榮
• 中央銀行副總裁：嚴宗大、楊金龍
• 行政院主計總處副主計長：李玉麟、鹿篤瑾
• 行政院人事行政總處政務副人事長：顏秋來
• 行政院衛生署副署長：林奏延、戴桂英
• 行政院環境保護署副署長：葉欣誠
• 行政院海岸巡防署副署長：王崇儀
• 經濟建設委員會副主任委員：吳明機、黃萬翔、陳小紅
• 大陸委員會副主任委員：林祖嘉、張顯耀
• 國軍退除役官兵輔導委員會副主任委員：林文山、劉國傳
• 行政院原子能委員會副主任委員：周源卿
• 國家科學委員會副主任委員：牟中原、孫以瀚、賀陳弘
• 行政院研究發展考核委員會副主任委員：魏國彥、戴豪君
• 農業委員會副主任委員：胡興華、王政騰
• 勞工委員會政務副主任委員：郝鳳鳴
• 勞工委員會常務副主任委員：郭芳煜
• 金融監督管理委員會副主任委員：吳當傑
• 公平交易委員會副主任委員：孫立群
• 行政院公共工程委員會副主任委員：陳純敬、吳國安
• 客家委員會副主任委員：李朝明、鍾萬梅
• 原住民族委員會副主任委員：洪良全、徐明淵、林江義
• 國家通訊傳播委員會副主任委員：虞孝成
• 中央選舉委員會副主任委員：劉義周
• 國立故宮博物院副院長：周筑昆

• 行政院人事行政總處人事長：吳泰成→黃富源（2012年3月25日）
• 行政院政務委員：張進福 准辭→經濟建設委員會主任委員尹啟銘兼任（再任）
• 行政院發言人：楊永明 新聞局裁撤→胡幼偉（2012年5月20日）
• 財政部長：劉憶如 准辭→張盛和（2012年6月1日）
• 財政部政次：徐仁輝 准辭→曾銘宗（2012年6月11日）
• 行政院農業委員會副主任委員：陳文德→王政騰（2012年6月27日）
• 行政院秘書長：林益世准辭→行政院副秘書長陳士魁代理（2012年6月29日）
• 經濟部政次：林聖忠 准辭→梁國新（2012年7月1日）
• 行政院研究發展考核委員會主任委員：朱景鵬 准辭→宋餘俠（2012年7月4日）
• 總統令特任陳士魁為行政院秘書長（2012年7月10日）
• 總統令特任行政院研考會副主委黃敏恭為行政院副秘書長（2012年7月11日）
• 總統令任命戴豪君為行政院研究發展考核委員會副主任委員（2012年7月26日）
• 國立故宮博物院院長：周功鑫 准辭（2012年7月30日）
• 國家通訊傳播委員會主任委員：蘇蘅 卸任→石世豪（2012年8月1日）
• 僑務委員會副委員長薛盛華、許振榮因組織調整，均應予免職（2012年9月1日生效）
• 行政院衛生署副署長蕭美玲准辭→中央健保局長戴桂英為行政院衛生署副署長（2012年9月1日生效）
• 總統令任命柯森耀為外交部政務次長（2012年9月1日生效）
• 國立故宮博物院院長：馮明珠（2012年9月13日）
• 總統令任命陳小紅為行政院經濟建設委員會副主任委員（2012年9月13日）
• 外交部長：楊進添→林永樂（2012年9月26日）
• 大陸委員會主任委員：賴幸媛→王郁琦（2012年9月28日）
• 勞工委員會主任委員：王如玄准辭→潘世偉（2012年10月1日）
• 大陸委員會副主任委員：高長准辭→林祖嘉（2012年10月16日）
• 行政院發言人：胡幼偉准辭→鄭麗文（2012年10月8日生效）
• 總統令任命郝鳳鳴勞工委員會副主任委員（2012年11月22日）
• 行政院體育委員會主任委員：戴遐齡→組織降級卸任（2012年12月31日）
• 行政院青年輔導委員會主任委員：陳以真→組織降級卸任（2012年12月31日）
• 總統令任命張佩智為財政部政次（2013年1月1日生效）
• 總統令任命陳益興為教育部政次（2013年1月1日生效）
• 外交部政次；董國猷改任駐歐盟兼駐比利時大使→石定（2013年1月4日）
• 教育部政次：林聰明准辭→黃碧端（2013年1月16日生效）
• 行政院政務委員兼福建省主席：薛承泰准辭（2013年2月16日生效）
• 大陸委員會副主任委員：劉德勳准辭（2013年2月1日生效）
• 法務部政次:陳守煌→陳明堂接任（2013年3月6日生效）
• 金融監督管理委員會副主任委員:李紀珠轉任中華郵政公司董事長（2013年2月5日）

• 2012年2月6日：陳冲內閣上任
  • 2012年3月26日：行政院人事行政總處人事長由前考試院考試委員黃富源接任
  • 2012年5月20日：行政院發言人室成立。首任發言人由胡幼偉接任；文化部由其前身文化建設委員會末任主任委員龍應台直接轉任
  • 2012年5月31日：財政部長由該部前政次張盛和接任。
  • 2012年6月29日：行政院祕書長林益世因索賄案而辭職[4]。
  • 2012年7月4日：行政院研究發展考核委員會主任委員朱景鵬請辭。由副主委宋餘俠接任。
  • 2012年7月29日：國立故宮博物院院長周功鑫請辭。由副院長馮明珠暫代。
  • 2012年8月1日：國家通訊傳播委員會主任委員蘇蘅期滿卸任。由新任委員石世豪接任。
  • 2012年9月13日：國立故宮博物院院長由原副院長馮明珠接任。
  • 2012年9月18日：民主進步黨和台灣團結聯盟對陳冲提不信任案，於9月22日表決，以46比66票遭否決。陳冲成為第二位被倒閣的行政院長（首位是1997年的蕭萬長）。
  • 2012年9月26日：總統令任命林永樂接任外交部長
  • 2012年9月28日：總統令任命王郁琦接任大陸委員會主任委員
  • 2012年9月26日：勞工委員會主任委員王如玄因基本工資緩漲請辭，10月1日總統令任命原副主任委員潘世偉接任。
  • 2012年10月8日：行政院發言人胡幼偉請辭由鄭麗文接任。