東京殘響

故事设定在第二次世界大战后，日本的国家主权受制于美国。90年代中期。日本首都制药公司在大脑机能领域开发出了新药。新进和平塾得知后开始推行雅典娜计划。共聚集了26个小于5岁的孩子，人工培养出类學者症候群。但药物严重的副作用导致孩子相继死亡，最终计划以失败告终。在这些孩子中NINE和TWELVE一起逃出了试验基地，而未曾逃走但幸存下来的FIVE则秘密被美国政府收留。

长大后NINE和TWELVE于某日在青森县的核廢料處理設施中合同搶走了秘密开发的雏形原子弹，之后他们二人以斯芬克斯的代号针对参与了雅典娜计划的政府官员进行复仇。于是他们成功地炸毁了东京都厅的部分建筑，以此向社会引起警示。

半年後，暑假即將開始前的夏日裡，先前不明身份的两人化名为九重新（其中九代表9）的9與久見冬二（日语中“冬”与10读音相同，二则指2）的12以转校生的名义来到一所高中，但不久又离开，期间他们在一栋大楼制造了恐怖袭击事件，并以此为某一计划的开始。之后兩人开始以斯宾克斯（スピンクス）为名，在城市制造炸弹袭击事件（并未伤及人员）向他们所憎恨的已终止进行的“雅典娜计划”的策划者及执行者复仇，为此展开了与日本警视厅（特别是柴崎健次郎）的对战。

雅典娜計劃（アテネ計画）

在９０年代中期，專門從事腦機能研究的日本首都製藥公司偶然開發出一種新藥，成為一切的開端。新進平和塾看中他們的研究成果，於是就策劃出「雅典娜計劃」，毫無保留地投放大量研究費用和最優秀的人才。該計劃成立的最終目標就是要用人工的方法，培育出一群有近似學者症候群的小朋友，換句話說就是他們想製造出一群人工天才。

不過那種新藥不是對所有人都有效，只是對在成長期，即是五歲以下的小朋友才有效。因此主導這個計劃的團體－新進平和塾，便為全國五歲以下的孤兒進行智能測試，將通過測試的小朋友召集回來。最後一共集合了２６個小孩進行計劃，他們全都是白老鼠。他們把那個地方稱為「租界」，在那裡進行實驗。那裡的小孩全都沒有名字，因為是用實驗號碼來稱呼他們。

不僅如此，新藥的藥效不是普通人的肉體和精神能夠輕易承受。很多實驗體的身體支持不了，又或是精神上出現嚴重問題，結果大部分都受不住而死掉。到最後，雅典娜計劃以失敗告終。

美國政府發現了這計劃後隨之介入，於是計劃被迫於７年前被迫終止。實驗結束之後，只Five存活下來，被美國機構接收，NINE和TWELVE則8年前(計畫終止前一年)於「租界」放火，破壞保安系統，並且翻牆逃出。

东京残响的系列音乐全部在冰岛录制[6]，由菅野洋子创作，片头曲「Trigger」由菅野洋子作曲、编曲，Galileo Galilei乐团的尾崎雄貴演唱。片尾曲「」也是由菅野洋子作曲、编曲，由Aimer演唱。[7]东京残响原声带 2 -crystalized-于2014年8月22日推出。[8]

片頭曲「Trigger」

作詞：尾崎雄貴，作曲、編曲：菅野洋子 ，主唱：Yuuki Ozaki (from Galileo Galilei (樂團))

片尾曲「誰か、海を。」 (第1話 - 第10話)

作詞：青葉市子，作曲、編曲：菅野洋子 ，主唱：Aimer

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