中華民國國防部

• 部長[17]（1名，特任，為組織法所定）
  • 副部長（特任政務職文官或二級上將，為組織法所定，軍政、軍備各1名）
  • 常務次長（2名，簡任第十四職等或中將，為組織法所定）
    • 參事（8名，簡任第十二職等或中將）
    • 總督察長（1名，簡任第十二職等或中將）
    • 司長（4名，簡任第十二職等或中將）
    • 主任（2名，簡任第十二職等或中將）
    • 副總督察長（1名，簡任第十一職等或少將）
    • 副司長（4名，簡任第十一職等或少將）
    • 副主任（2名，簡任第十一職等或少將）
    • 處長（28名，簡任第十一職等或少將、上校）
    • 專門委員（15名，簡任第十職等至第十一職等）
    • 簡任技正（1名，簡任第十職等至第十一職等）
    • 副處長（20名，簡任第十職等或上校）
      • 科長（16名，薦任第九職等或上校）
      • 秘書（4名，薦任第八職等至第九職等）（內2人得列簡任第十職等至第十一職等）
      • 技正（3名，薦任第八職等至第九職等）
      • 視察（37名，薦任第八職等至第九職等）（內15人得列簡任第十職等至第十一職等）
      • 專員（17名，薦任第七職等至第九職等）
      • 科員（36名，委任第五職等或薦任第六職等至第七職等）
      • 技士（3名，委任第五職等或薦任第六職等至第七職等）
        • 技佐（2名，委任第四職等至第五職等）
        • 助理員（5名，委任第四職等至第五職等）（內3人得列薦任第六職等）
        • 書記（5名，委任第一職等至第三職等）

人事室

• 主任（1名，簡任第十職等至第十一職等）
  • 科長（2名，薦任第九職等）
  • 視察（2名，薦任第八職等至第九職等）（內1人得列簡任第十職等至第十一職等）
  • 科員（2名，委任第五職等或薦任第六職等至第七職等）
    • 助理員（1名，委任第四職等至第五職等）

政風室

• 主任（1名，簡任第十職等至第十一職等）
  • 專門委員（1名，簡任第十職等至第十一職等）
    • 科長（3名，薦任第九職等）
    • 視察（3名，薦任第八職等至第九職等）（內1人得列簡任第十職等至第十一職等）
    • 專員（2名，薦任第七職等至第九職等）
    • 科員（5名，委任第五職等或薦任第六職等至第七職等）
      • 助理員（4名，委任第四職等至第五職等）（內2人得列薦任第六職等）
      • 書記（1名，委任第一職等至第三職等）

※編制另有兩名軍職員額。

主計室

• 主任（1名，簡任第十職等至第十一職等）
  • 科長（3名，薦任第九職等）
  • 稽核（3名，薦任第八職等至第九職等）（內1人得列簡任第十職等至第十一職等）
  • 專員（1名，薦任第七職等至第九職等）
  • 科員（1名，委任第五職等或薦任第六職等至第七職等）
    • 佐理員（1名，委任第四職等至第五職等）
    • 書記（1名，委任第一職等至第三職等）

• 戰略規劃司：司長室、戰略研析處、國防政策處、建軍規劃處、軍制編裝處
• 資源規劃司：司長室、人力資源處、財物資源處、科技企劃處，兼辦財團法人國防工業發展基金會
• 法律事務司：人權保障處、法律服務處、法規研審處、訴願權保處
• 整合評估司：司長室、效益評估處、模式模擬處、國防淨評估處
• 總督察長室
• 國防採購室
• 政務辦公室：政務綜合處、公共事務處、文書檔案處、總務管理處、史政編譯處
• 人事室
• 政風室
• 主計室

常設性任務編組：

• 法規會
• 訴願審議會
• 官兵權益保障會
• 國家賠償事件處理會
• 教師申訴評議委員會
• 國防事務涉密審查會
• 安全調查辦公室[18]

直屬機關（構）

• 政治作戰局
• 國防部發言人（軍事新聞處）
• 軍備局
• 軍醫局
• 主計局
• 全民防衛動員署

研究機構

• 國家中山科學研究院（監督行政法人，國防科研機構）
• 國防安全研究院（公設財團法人，國防部智庫）

直屬單位

• 國防部勤務大隊
• 國防部醫務組聯合診所

• 參謀總長（1名，非戰時降編為二級上將，除非戰爭時期或承平時期有重大功績才能晉升為一級上將）
  • 副參謀總長執行官（1名，二級上將）
    • 副參謀總長（2名，中將）
    • 總士官長（1名，一等士官長）
  • 參謀本部單位
    • 人事參謀次長室
    • 情報參謀次長室
    • 後勤參謀次長室
    • 通信電子資訊參謀次長室
    • 訓練參謀次長室
  • 直屬機構
    • 國軍聯合作戰指揮中心（衡山指揮所，負責執行軍隊指揮事務）
    • 軍事情報局
    • 電訊發展室
  • 直屬單位
    • 國防部參謀本部博愛營區裝備維保管制中心

負責執行軍隊指揮，軍事機關及其所屬部隊得編配參謀本部。[17]

• 國防部陸軍司令部（負責執行陸軍部隊指揮[17]）
• 國防部海軍司令部（負責執行海軍部隊指揮[17]）
• 國防部空軍司令部（負責執行空軍部隊指揮[17]）

• 憲兵指揮部
• 資通電軍指揮部

• 國防部高等軍事法院（戰時）

• 戰區臨時法庭（戰時）
• 作戰區臨時法庭（戰時）
• 特定部隊臨時法庭（戰時）

• 國防大學
• 國防醫學院
• 中華民國陸軍軍官學校（陸軍官校）
• 中華民國海軍軍官學校（海軍官校）
• 中華民國空軍軍官學校（空軍官校）
• 空軍航空技術學院（空軍航院）
• 陸軍專科學校（陸軍專校）
• 中正國防幹部預備學校（中正預校）
• 國防部大直非營利幼兒園
• 國防工業發展基金會（業務由資源規劃司兼辦）
• 駐美軍事代表團（直屬國防部）

在中國戰區中國陸軍總司令部按造美制編組後，美國方面仍欲更大範圍地改組國民政府的國防／軍事體制架構；惟國民政府方面認為茲事體大，無法輕易做出決定。[19]從日記史料看來，國民政府當局在抗日戰爭結束前後確已進行一系列的國防／軍事體制架構研究。例如，1945年1月25日，軍政部長陳誠自記，奉命於部內成立整軍建軍研究會，研究今後整軍建軍方案。[20]10月，《大公報》社披露了中國戰區中國陸軍總司令部美籍參謀長，兼美軍在華作戰司令部司令官麥克魯（Robert B.McClure）之建議，謂國軍應成立一元化軍事機關，名稱可為國防部，下轄陸海空及供應部門。[21]1950年3月，國防部在臺北進行較大的組織架構、人事改組。

據先後擔任軍事委員會銓敘廳科長、國防部第一廳科長等職位的徐世江所述，自抗日戰爭中後期起，史迪威、魏德邁等人業已建議改組軍事委員會，實行新軍事體制。1945年10月，何應欽向蔣介石條陳「軍事改制，勢在必行」，建議仿照美國體制，結合國情，撤銷軍事委員會，成立行政院國防部，藉以還軍於政，國府主席則兼任大元帥指揮陸海空三軍。魏德邁亦致信蔣介石稱：「今後貴我兩國長期協作，軍事體制必須緊密配合，達到中美國防體制一元化」，並提出新國防體制藍本，隨函供參。不久之後，蔣介石做出回應，手諭軍政部長陳誠、次長林蔚著手組織復員整編委員會，研議軍事改制問題。蔣介石又同意參造魏德邁提出的國防體制藍本，但表示「大元帥暫不必提，仍用主席名義也可」。30日，陳誠主持的軍制改制籌備會議在重慶召開，參加者計有林蔚、劉斐、劉士毅、袁守謙、秦德純、陳良、王叔銘、劉詠堯、錢卓倫、方天等人。幾經討論，陳誠等人終於在1946年1月底確定初步方案，試圖建立一個中美混合式的國防體制架構。[22][23]

部長（西元1946－1950年）

任次	姓名	肖像	任職時間	離職時間	政黨	備註
部長[24][25][26][27]
1	白崇禧 (1893–1966)		1946年5月31日	1948年6月3日	中國國民黨	由國民政府軍事委員會軍訓部長改制行政院國防部長
2	何應欽 (1890–1987)		1948年6月3日	1948年12月22日
3	徐永昌 (1887–1959)		1948年12月22日	1949年5月1日
4	何應欽		1949年5月1日	1949年6月12日		行政院院長兼任
5	阎锡山 (1883–1960)		1949年6月12日	1950年1月31日
兼	顧祝同 (1893–1987)		1950年1月31日	1950年4月1日		參謀總長兼任

參謀總長（西元1946－1950年）

任次	姓名	肖像	任職時間	離職時間	政黨	備註
參謀總長[24][25][26][27]
1	陳誠 (1898–1965)		1946年5月31日	1948年5月13日	中國國民黨	由國民政府軍政部長改制國防部參謀總長
2	顧祝同 (1893–1987)		1948年5月13日	1950年3月25日		兼任國防部部長

任次	姓名	肖像	就職時間	卸任時間	政黨	備註
行政院國防部部長
4	俞大維 (1897–1993)		1950年3月12日	1951年2月20日	無黨籍	陸軍中將 未到任 首位中將軍階與無黨籍出身
代	袁守謙 (1903–1992)		1950年8月25日	1951年3月1日	中國國民黨	陸軍二級上將 副部長代理部長
5	郭寄嶠 (1902–1998)		1951年3月1日	1954年6月1日	無黨籍	陸軍二級上將
6	俞大維		1954年9月20日	1965年1月25日	無黨籍	再任
兼代	俞鴻鈞 (1989–1960)		1954年6月1日	1954年9月20日	中國國民黨	行政院院長兼代
7	蔣經國 (1910–1988)		1965年1月25日	1969年7月1日	中國國民黨	陸軍二級上將 後於1972年升任行政院院長 1978年起接任第6、7任總統，於1988年1月13日逝世
8	黃 (1902–1995)		1969年7月1日	1972年6月1日	中國國民黨	陸軍一級上將
9	陳大慶 (1904–1973)		1972年6月1日	1973年7月31日	中國國民黨	陸軍二級上將 曾任國家安全局副局長、陸軍總司令、臺灣省政府主席
10	高魁元 (1907–2012)		1973年7月31日	1981年11月19日	中國國民黨	陸軍一級上將 曾任參謀總長、陸軍總司令
11	宋長志 (1916–2002)		1981年12月1日	1986年7月1日	中國國民黨	海軍一級上將 首位海軍出身，曾任參謀總長、海軍總司令
12	汪道淵 (1913–2011)		1986年7月1日	1987年4月29日	中國國民黨	軍法官，文人部長 首位純文人出身 曾任法務部部長、國安會秘書長、行政院政務委員 後於1987年5月1日轉任司法院副院長
13	鄭為元 (1913–1993)		1987年4月29日	1989年12月5日	中國國民黨	陸軍二級上將 曾任國防部副部長、海軍陸戰隊司令、退輔會主委、行政院政務委員
14	郝柏村 (1919–2020)		1989年12月5日	1990年6月1日	中國國民黨	陸軍一級上將 參謀總長、副參謀總長兼執行官、陸軍總司令 後升任行政院院長
15	陳履安 (1937–)		1990年6月1日	1993年2月1日	中國國民黨	文人部長 曾任教育部次長、行政院政務委員兼國科會主委、經濟部部長 後於1993年2月1日升任監察院院長
16	孫震 (1934–)		1993年2月27日	1994年12月15日	無黨籍	文人部長 曾任國立臺灣大學校長、行政院政務委員
17	蔣仲苓 (1922–2015)		1994年12月15日	1999年2月1日	中國國民黨	陸軍二級上將 曾任陸軍總司令
18	唐飛 (1932–)		1999年2月1日	2000年5月20日	中國國民黨	空軍一級上將 首位空軍出身，曾任參謀總長、空軍總司令 後升任行政院院長
19	伍世文 (1934–)		2000年5月20日	2002年2月1日	中國國民黨	海軍二級上將 曾任副參謀總長、海軍總司令
20	湯曜明 (1940–2021)		2002年2月1日	2004年5月20日	中國國民黨[28]	陸軍一級上將 曾任參謀總長、陸軍總司令
21	李傑 (1940–)		2004年5月20日	2007年5月20日	中國國民黨 →無黨籍[29]	海軍一級上將 曾任參謀總長、海軍總司令
22	李天羽 (1946–)		2007年5月20日	2008年2月25日	中國國民黨	空軍一級上將 曾任參謀總長、空軍總司令
23	蔡明憲 (1941–)		2008年2月25日	2008年5月20日	民主進步黨	文人部長 首位民進黨籍部長
24	陳肇敏 (1940–)		2008年5月20日	2009年9月10日	中國國民黨	空軍二級上將 曾任國防部軍備副部長、空軍總司令、空軍副總司令
25	高華柱 (1946–)		2009年9月10日	2013年8月1日	中國國民黨	陸軍二級上將 曾任退輔會主委，後於2015年2月12日升任國家安全會議秘書長
26	楊念祖 (1955–)		2013年8月1日	2013年8月7日	無黨籍	文人部長 任期最短閣員(僅6天)
代	高廣圻 (1951–)		2013年8月6日	2013年8月8日	無黨籍	當時以海軍二級上將（現役軍人）身分代理
27	嚴明 (1949–)		2013年8月8日	2015年1月30日	中國國民黨	空軍二級上將 曾任參謀總長、副參謀總長、空軍司令部空軍司令、空軍司令部空軍副司令
28	高廣圻 (1951–)		2015年1月30日	2016年5月20日	中國國民黨	海軍二級上將 曾任國防部軍備副部長、國防部常務次長、參謀總長 、副參謀總長執行官
29	馮世寬 (1945–)		2016年5月20日	2018年2月25日	中國國民黨 → 無黨籍	空軍二級上將 後於2019年8月5日轉任退輔會主委
30	嚴德發 (1952–)		2018年2月26日	2021年2月22日	無黨籍	陸軍二級上將 曾任國防部軍備副部長、參謀總長 曾任國家安全會議秘書長
31	邱國正 (1953–)		2021年2月23日	2024年5月20日	無黨籍	陸軍二級上將 曾任國防部軍備副部長、參謀總長及陸軍司令部司令 曾任退輔會主委
32	顧立雄 (1958–)		2024年5月20日	現任	民主進步黨	律師 曾任不分區立委、不當黨產處理委員會主任委員、金融監督管理委員會主任委員、國家安全會議秘書長

[30][31]

國防部副部長高於其他部會的政務次長及常務次長，依功能得分為軍政（二級上將）、軍備（二級上將）各一位，但正式職稱均為「副部長」，其中軍政副部長原本是由文人政務官或退役將官出任，但從李喜明海軍二級上將就任後才改成現役軍人。[32]

而參謀總長是掌理軍令系統的最高長官，相當於軍令（二級上將）「副部長」，依法為國防部部長之軍令幕僚長。

另再設置二名常務次長（中將或簡任第十四職等）。

當時稱副部長為次長，並同時能有多位次長就任。1950年3月，國防部在臺北進行較大的組織架構、人事改組。此處不表。

次長（西元1946－1950年）

參謀次長（西元1946－1950年）

副部長（西元2000年前）

軍政副部長（西元2000年後）

軍備副部長（西元2002年後）

《國防部組織法》（西元2012年後）

部長辦公室主管一覽表（西元1946－1950年）

民用工程司主管一覽表（西元1946－1950年）

特種計畫司主管一覽表（西元1946－1950年）

軍職人事司主管一覽表（西元1946－1950年）

文職人事司主管一覽表（西元1946－1950年）

工業動員司主管一覽表（西元1946－1950年）

土地及動員司主管一覽表（西元1946－1950年）

預算財務司主管一覽表（西元1946－1950年）

人力計畫司主管一覽表（西元1946－1950年）

徵購司主管一覽表（西元1946－1950年）

法規司主管一覽表（西元1946－1950年）

國防科學委員會主管一覽表（西元1946－1950年）