廣深港高速鐵路香港段

1994年的《鐵路發展策略》，提議西部走廊鐵路的計劃。根據《鐵路發展策略》的建議，西部走廊鐵路分為三部份：港口鐵路線、長途客運線及近郊客運線（大致為現時西鐵綫）。整個項目被建議優先興建，預計耗資231億港元，於2001啟用。其中長途客運線曾分為與近郊客運線同時興建的獨立路軌方案，及與近郊客運線共軌的方案。

在《鐵路發展策略2000》，區域快線的走線建議由紅磡站出發，先經石硤尾站，再經錦上路站或新建的粉嶺南站直往邊境。

2005年，當局啟動對廣深港高速鐵路香港段計劃的研究後，曾經考慮採用多個方案的可能，香港段的總站可以選擇興建位於新界北部的洲頭或者西九龍，其中西九龍在交通接駁、對環境影響及對香港島及九龍等香港市區的吸引力等方面比較上佳，而興建於洲頭則有比較低的成本的優勢，而且對荃灣和新界的乘客有比較大的吸引力。當局認為，西九龍的選擇地址在運輸效益方面比較洲頭為佳[13]。

2007年，與西鐵線共軌的方案被否決，改為獨立興建全新的路軌。

由香港邊境禁區前往西九龍的路線，亦曾經有兩個方案：亦即「共用通道方案」及「專用通道方案」，兩者均計劃在現落馬洲站附近接駁廣深段（落馬洲站連接福田口岸）。

2008年4月，當局決定以西九龍總站（現稱：香港西九龍站）作為終點站，路線採用全隧道的「專用通道方案」中線方案[14]。

共用通道方案分別和現有港鐵西鐵綫（西九龍附近至錦上路一段）和將會興建的北環綫（錦上路至洲頭附近一段）共用路軌，再以轉駁一條3公里長的隧道進入中國大陸；廣深段及香港段的總行車時間為60分鐘[15]。

廣深港高速鐵路路線圖，香港段為藍色路線。

專用通道方案為興建一條全新的鐵路軌道，直接由西九龍總區接駁至廣深段；廣深段及香港段的總行車時間為48分鐘，興建成本比較「共用通道方案」多出47%。

專用通道亦有兩個方案：一為「連續隧道方案」，直接由香港邊境禁區接駁至西九龍總站（現稱：香港西九龍站），全段大致會位於隧道內，但在緊急救援處一段不會覆蓋；二為「斷續隧道方案」，位於「共用通道方案」以東，走線和行車時間比較長，但是會讓一段2公里長的路段露出於大埔附近的地面上[15]。

2006年2月6日，行政會議指示九廣鐵路公司以共用通道方案作進一步規劃，即興建北環線連接落馬洲，及使用現有西鐵綫及九龍南綫的部份路軌，終點站設立於西九龍，全長30公里；預計每小時列車數目為3至5班。

2007年1月，深圳市決定增加一座鐵路站──福田站。中華人民共和國鐵道部表示來往香港的高速列車將會比較預期為多，預計於2020年，將會有10個城市開辦每日共15對（即往來每方向15班）長途直通列車；至2030年，長途直通列車更會增加至每日共23對（即往來每方向23班）。因此選擇「專用通道方案」或是「共用通道方案」未有定案。

位於九龍旺角西的隧道鑽挖機回收豎井。

廣深港高速鐵路香港段於港鐵九龍塘站展覽。

同年5月19日，九廣鐵路公司完成對廣深港高速鐵路香港段的研究報告，傾向於以全隧道方式，亦就是專用通道方案的一種，接駁西九龍與香港邊境禁區。該方案造價約300億港元（約合39億美元），預計於2014年通車[16]。8月2日，香港政府在粵港聯席會議第10次會議上提出決定以「專用通道方案」興建廣深港高速鐵路香港段，總站設立於擬議中的西九龍。屆時由西九龍至深圳福田，往來只需要13分鐘；由西九龍至廣州南，亦只需要約48分鐘[17]。同年10月，廣深港高速鐵路香港段成為行政長官曾蔭權所發表的《2007至2008年度香港行政長官施政報告》的《十大建設計劃》之一。同年12月2日，九廣鐵路與香港地鐵兩鐵合併成為港鐵公司，廣深港高速鐵路香港段的統籌事務亦轉交由港鐵負責。

2008年1月2日，港鐵展開首兩項招標，包括一條26公里長的路軌隧道及西九龍總站的初步設計，並且研究於西九龍總站上蓋發展地標式摩天大樓的可行性。[18]

同年4月22日，行政會議批准港鐵對廣深港高速鐵路香港段進行進一步的規劃及設計。路線走向採取「專用通道方案」的中線方案，而西九龍總站亦計劃延伸至西九文化區的地底，方便乘客可以直到達該處。如果以上述的方式興建，西九龍總站將會可以容納14座月台（10座為長月台，4座為短月台）。行政會議同時批准港鐵根據服務經營權的模式，給予港鐵營運上述項目50年。由於融資方式的改變，香港政府沒有批准將西九龍總站上蓋交予港鐵發展[14][19]。10月1日，港鐵公佈新的走綫方案。11月28日，香港政府按照《鐵路條例》將廣深港高速鐵路香港段的方案刊憲。

2009年2月24日，铁道部副部长陆东福和香港运输及房屋局局长郑汝桦在香港签署有关於广深港客运专线香港段与廣深段的衔接技术安排备忘录。根据备忘录安排，铁道部与香港政府将會继续加强沟通，争取实现廣深港高速鐵路香港段在2009年年内啟动工程及其他相关的一切安排，将香港纳入中国高速铁路网络中[20]。同年10月20日，香港政府落實興建廣深港高速鐵路香港段，石崗橫台山菜園村將會全面清拆。因此香港政府動用了20億港元作為收回土地，至該時，150戶村民中有80多戶接受了補償。另一方面，仍然有部份村民拒絕搬遷。

2009年12月18日，香港立法會財務委員會推遲香港政府對興建廣深港高速鐵路香港段涉及669億港元的撥款申請，延期至2010年1月8日再度審批申請。在立法會門外有人眾聚集示威。結果會議到晚上10時45分的規定最後時間限制到達，仍然未能夠進行有關的表決。財務委員會於是延期至1月15日至16日連續兩日審議。1月16日下午6時半許，經過長達15輪、近170多次提問，財務委員會正式通過撥款申請。1月27日，廣深港高速鐵路香港段動工。同年，走線所途經的油尖旺、深水埗、葵青、荃灣及元朗的各項相關建造工程地盤，工程亦都已經陸續展開[21]。

香港段隧道由西九龍站開始，經過油麻地、大角咀、深水埗、長沙灣、葵涌、石崗、牛潭尾及米埔，最後經過皇崗進入广东省深圳市福田區，除石崗車廠外全綫走綫地底。2011年8月10日，隧道鑽挖工程開始[22]。由於工程因為種種原因而出現延誤之情況，港鐵透過各種方法趕工，至2015年3月初，全長2.6公里、穿越新界雞公嶺地層的牛潭尾至大江埔隧道路段工程完成鑽爆，並且成功貫通，意味著全長12.9公里、以鑽爆形式建造的廣深港高速鐵路香港段隧道工程全部完成。趕接而來的是在隧道護壁襯砌牆、路軌鋪設及建造行人通道等相關工程[23]。

2016年9月26日：首列用于该线路的港鐵CRH380A型電力動車組（编号CRH380A-0251）从青岛中车四方经海路运抵香港。因车卡较多且车身较为宽大，港铁方面于9月26日至29日将列车分为四次从码头运抵石岗，每次运送两节车卡。为配合运送，香港运输署决定9月26日至29日期间，每日由凌晨1时至凌晨4时，将视情况对介乎锦田绕道与七星崗之间的一段锦田公路由双程行车改为单程东行[24]。之后列车将在广深港高速铁路进行靜態測試及低速動態測試，之後又會在16公里的試行段隧道，即石崗緊急救援處至旺角西通風樓之間的下行隧道，進行動態測試[25][26]。

2017年6月底7月初第三列列车CRH380A-0253在青岛四方出厂后之后经2500公里陆路至廣深港高速鐵路廣深段进行动力测试，实验完成后由港铁派出的高铁司机驶入港铁石岗车厂，标志着广深港高铁香港段和中國大陸段成功连接[27]。

2018年4月起，廣深港高鐵香港段踏入試運營階段，多列列車將安排往返廣州南、深圳北、福田站及香港西九龍站之間[28][29]。

2017年7月25日，香港政府公佈西九龍站的一地兩檢安排[30]。同年11月18日香港行政長官林鄭月娥與中共广东省委副书记兼省长马兴瑞在禮賓府簽署《內地與香港特別行政區關於在廣深港高鐵西九龍站設立口岸實施「一地兩檢」的合作安排》，並象徵廣深港高速鐵路「一地兩檢」的「三步走」程序展開。《合作安排》決定在西九龍站劃分香港口岸區和內地口岸區，其中內地口岸區將依中國大陸法律設立和管轄，並實行口岸管理制度，港粵雙方分別按照各自法律對往來的人員、物品和行李進行邊防檢查與檢驗檢疫。中國大陸關員只於內地口岸區[註 1]履行職責，不進入內地口岸區以外區域執法，在該等區域也沒有執法權。而內地口岸區、特區境內營運中的列車車廂（包括行駛中、停留中和上下乘客期間）亦視作在內地口岸區範圍之內，即視為處於中國大陸。港粵雙方並同意建立口岸協商聯絡和應急處理機制，確保口岸區高效運行、有效監管，及協助處理口岸區運行中可能出現的突發與緊急事件。[31][32][33]同年12月22日，國務院總理李克強就高鐵西九龍站的一地兩檢合作安排，書面提呈全國人大常委會審議。[34]

2018年8月23日，政府、納稅人全資持有的九鐵公司及港鐵公司簽署4份與高鐵營運相關的法律文件，在九鐵與港鐵簽訂《服務經營權補充協議》下，港鐵獲授予10年高鐵香港段的服務經營權，九鐵會按機制收取項目折現現金流量的九成，港鐵10年間需向九鐵支付107億元經營費（即每年2.7億元予政府）。補充協議亦提及若實際客量較預期相差15%以上，九鐵與港鐵將以七三比分攤盈或虧，15%以下則由港鐵自行承擔盈或虧。[35]

不過根據運輸及房屋局在2017年9月向立法會提交文件，政府原計劃將經營高鐵所需土地的權益或及相關權益撥歸九鐵公司為期50年，再把服務經營權授予港鐵。惟服務經營權其後縮短至不多於15年，最後改為10年期限。

時事評論員和立法會議員認為此舉動予人高鐵或會出現虧損，讓港鐵不用承擔過多的風險。[36]

開通儀式在2018年9月22日早上在西九龍站B1層舉行，嘉賓之後於B4層月台乘坐動感號首發列車出發往廣州南站。特區政府在2018年9月中陸續向嘉賓發出邀請函，包括行政會議成員、36名港區全國人大代表、全國政協常委和部份建制派議員，惟多位民主派議員仍未收到邀請。有獲邀的建制派議員指，並非所有議員都會獲邀開通儀式。[37]

由於受到2019冠狀病毒病疫情影響，香港政府为此收紧对内地的通关政策。2020年1月30日起，除深圳灣口岸以外，其他跟深圳連通陆路、海运的口岸（包括广深港高鐵香港段和红磡站的城際直通車）的客运服务都被暂时被关闭或停运。受此影响，廣深港高速鐵路香港段自2020年1月30日開始暂时關閉，直至另行通知为止[38][39][40][41]。

2023年1月15日，广深港高铁香港段恢复正常运营[42]，首班车于早上7时21分正式开出[43]。4月1日起，广深港高铁香港段全面重启跨省长途列车服务。[44]

「一地兩檢關注組」舉行「反西九一地兩檢集會」

香港政府聲稱实施一地兩檢是广深港高铁乘客在中國大陸與香港之间过境的必然选择。然而香港政府在最初时并未就此安排有确定方案，而且深圳福田站原本预留过境的空间，在2015年底却提出在西九龙设立一地两检过境设施的方案[45]。对此方案泛民主派议员普遍予以反对，因此舉将使中國大陸执法人员在香港市區心脏位置执行中國大陸法律，破坏一國兩制和香港基本法。根據基本法第十八條，「全國性法律除列於本法附件三者外，不在香港特別行政區實施」[46]，因此技術上需解決在香港境內實施內地法律的法律問題[47]。最後，香港政府決定在西九龍站內劃出「內地口岸區」，將該處實際改隸深圳市福田區，以實行封閉式管理及實施全套中國大陸法律。

「一地兩檢關注組」成員批評香港政府在沒有交代一地兩檢細節及在法律基礎未確定前就與廣東省簽署《合作安排》協議，做法比深圳灣口岸一地兩檢安排更倒退，他們遊行抗議並焚燒基本法[48]。林鄭月娥則表示把實施一地兩檢形容為「接中央指令」說法「非常不正確」和「完全錯誤」，又形容中國大陸關員來港工作是「不見天日，不可能上來地面呼吸一下，或者看一看香港的情況怎麼樣」。[49]

其他國家「一地兩檢」例子: 巴塞尔-米卢斯-弗赖堡欧洲机场位於法國境內，由法國和瑞士兩個國家以及德國的兩名顧問共同運營，一個機場有三個不同國家的海關。雖然整個機場位於法國管轄範圍內，但瑞士當局有權使用瑞士的法律於海關，醫療服務和警務工作上，法國警察也可以在瑞士部分執行隨機檢查。

高鐵香港段隧道在地下通過的大角咀，早於2009年，有當區居民發起向立法會遞交一人一信反對書行動，聲稱高鐵香港段的政策過程令居民感失望，因為新刊憲的走線決定高鐵隧道在大角咀14座當時樓齡超過35年的住宅大廈地下穿過，認為會威脅樓宇結構安全[66]。他們還指出，高鐵隧道太過接近樓宇樁柱，部分舊樓甚至無樁，致使樓宇出現沉降或者塌樓的危機。有居民指出，鑽挖機於2012年10月月底至11月初經過樓宇地底時，樓宇被震盪至大廈內的門框及牆身不斷發出聲響，使到他們夜裡無法入睡。他們曾經多番致電港鐵投訴，港鐵人員於上門視察後解釋乃電流的聲響[67]。2012年，200名大角咀居民遊行反對高鐵在當區地下挖掘隧道[68]。於2002年入伙的西九龍紀律部隊宿舍是高鐵隧道在地底鑽過的建築物地盤之一，居民約於9月底至10月初發現建築物的外牆整幅下墜，大片瓦仔移位剝落[69]。港鐵表示情況輕微，認為凡此種種現象未必與廣深港高速鐵路香港段工程有關係，並且承諾監察工程對周邊建築物的影響。[67]至2012年年底，港鐵表示接收逾80宗裂樓個案，多個廣深港高速鐵路香港段工程關注組織於過去兩年多次與港鐵交涉[70]。

有牛潭尾村住戶指出，於2012年年底，其家中地板稍微傾斜，門外出現一條兩米長的裂縫，而且越裂越闊，就像經歷過地震般[71]。而屋外牆身連接石級和地台的位置，亦不時崩裂，下雨漏水問題嚴重，屋頂滴水、沿牆身滲水難以解決。至2013年年初，有居民屋內的裂縫更擴散至屋頂，妻兒驚恐家居倒塌，現時搬遷至親友家中暫住。住戶於2012年要求過港鐵派遣人員視察屋內情況，惟兩次只有公證行人員到場，並無提及賠償問題。

相距工程地盤約400米的四季雅苑亦受到影響，業主立案法團主席謝先生表示，於2012年已經接收兩宗主戶投訴，屋所牆身出現裂痕，其後一直與港鐵開會，但是未有解決方案，港鐵亦無派遣公證行人員前來攝影司證[72]。

高鐵試車時，有元朗區居民指試車產生的震動及噪音懷疑使房屋裏外地面和牆身出現裂痕，但未能確定是由高鐵引起。由開始試運起的首3個月，港鐵一共收到55宗關於感到行車震動的投訴及9宗關於構築物出現裂痕的投訴。港鐵將個案轉交第三方公證行獨立調查[73][74]。

有街坊表示受到港鐵警告或者施展壓力，要求別再就事件發聲，也不願意上鏡接受訪問，因此願意站出來爭取的居民不多。此外，港鐵透過廣告公司向各大香港報章發出信件表示，向廣告部直言一旦報章刊登了港鐵的負面新聞，港鐵將會保留抽起廣告的權利，及要求廣告部與記者溝通[75]。

2012年5月，元朗攸潭美村（前稱牛潭尾村）受到廣深港高速鐵路香港段工程影響，先後發生了水井枯乾、溪水受到污染、魚類死亡及農作物枯萎，影響到村民的生活及養魚業。由於水井乾涸，菜農曾表示改用水喉水一季需要交千多元水費，未能維生，要轉行當清潔工[76]。經過香港大學專家研究後，確認愈接近豎井的水井，水位下降得愈明顯。有村民批評，水井已經流失了大量地下水，回灌「水喉水」根本無補於事，港鐵必須與受到影響的村民商討解決及補償辦法[77][78]。

2015年8月，米埔担竿洲段鑽挖期間在地底進行人工加壓，卻令泥漿沿地底氣孔溢出魚塘塘壆，大量污水流入具高度生態價值的魚塘。港鐵承認事件，稱泥漿湧出不常見，工程團隊即跟進，填補及清理路面。有工程師分析，港鐵在鑽挖期間過度加壓，會令地下水沿地層裂縫溢出，又稱過去幾年米埔段沿線魚塘出現氣泡從塘底升起現象，懷疑事件影響程度遠較想像中大，認為應暫停工程，評估餘下路段風險。有生態專家擔心鑽挖方法出問題，影響米埔濕地地層結構，引致連鎖反應，降低米埔生態價值[79]。

2018年8月16日，公民黨立法會議員譚文豪與陳淑莊收到高鐵工程人士提供的相片和片段，在過去一個多星期拍攝的資料顯示米埔段和石崗緊急救援處路段的隧道內牆身滲水，南昌段部分路軌生鏽，近城門與大連排段下行線隧道則有地下水從牆身不停流出，形成「小溪」。同日，港鐵安排傳媒試坐高鐵香港段列車，主動回應滲水問題，港鐵總經理（高速鐵路）鄧維勇強調現時高鐵隧道「大致乾爽」。不過向媒體展示多幅高鐵隧道的照片中，卻顯示隧道牆身有水迹，但無交代拍攝照片的位置。[80]

到2015年，運輸及房屋局預測顯示，因珠三角經濟增長減慢，高鐵的經濟內部回報率由2009年6%下調至4%，長遠客量及回報率亦下跌。到2017年的預測更顯示，高鐵通車首年的商務乘客人次較2009年的預測少逾三成。非港人乘客比例由2009年預測的30%上調至41.6%，相反港人乘客每年減少200萬人次。[81]

到2018年，運輸及房屋局預測高鐵的經濟內部回報率由4%降至2%。高鐵客量預測大幅下調近27%，每日均乘客量8.01萬人，較2015年預測平均每日有10.9萬人乘搭高鐵少。政府及港鐵的協議訂明，一旦實際客量低過預計乘客量逾15%，納稅人需要補貼損失。[82]

另外高鐵香港段的營運費用每年約9.6億元，相等於每月約8000萬元，較2015年的評估高達逾15%，遠超於兩年內的通脹率。[83]

2018年8月23日，政府公布高鐵營運安排，每日將有83至127對列車，來往中國大陸44個車站，票價由78元至逾千元不等。票價將會按人民幣計算。平日的周一至周四有70對車來往廣東省6個短途站（福田、深圳北、虎門、廣州南、光明城及慶盛），假日高峰期可增至114對車，約10至30分鐘一班車。而往北京、上海等城市長途站點每天只開1班。

根據入境處數據，通車首三日人次只及預期客量近6成左右。較港府估算8萬人次少。港鐵董事局主席馬時亨表示，高鐵需要時間磨合，不能夠以首一兩日的客流量做判斷。[84]

根據港鐵公司公佈2019年度全年業績，高鐵香港段2019年營收20.98億港元，乘客量1690萬人次，平均票價88.73港元。

立法會議員田北辰在2018年12月形容，高鐵所謂的廣州南站，說穿了其實是「番禺站」，距離廣州市中心近一小時車程，與直通車終點廣州東站比較，廣州南站「太不方便」，認為高鐵與廣九直通車的作用「截然二分」，高鐵雖接駁中國內地其他鐵路，但每日近半班次僅往來深圳，應被視為深港融合的「接駁車」。而港穗直通車則是直接由香港市中心（紅磡站）接駁至廣州市中心（天河區）的直接運輸樞紐，也是兩地居民、商人最直接方便的往來方式。田稱直通車仍有其歷史及實質應用地位，稱：「無論高鐵班次有多密、提速有多快，仍然取代不了直通車的舒適度與直達性……現階段看不到直通車可被取代，亦不覺其已完成了歷史任務，兩地人還是很依賴它」。港鐵回應稱，隨着高鐵通車，城際客運服務（直通車）客量有所減少，但因高鐵開通僅兩個月，仍需時觀察以客觀評估影響，會繼續留意跨境鐵路需求的變化。[85]

香港特區政府一直宣稱“從西九龍總站出發至廣州南站全程只需時48分鐘，比現時的100分鐘快一半”来宣传興建高鐵的計劃。2009年中鐵第四勘察設計院集團有限公司（中四院）擬定的廣深港高鐵班次假設西九龍站每天將開出190班列車，但當中約96%均需中途停站[86]。時任運輸及房屋局局長張炳良則稍後澄清，高鐵班次安排將會在通車後再作評估，每天仍會有11對列車由西九龍站直達廣州南站[87]。同時，也有市民和議員質疑高鐵的廣州南站並非廣州市區，在廣州南站下車後仍須轉乘其他交通才能到達廣州市區。[88]政府新聞處曾於Facebook專頁上載插圖，聲稱坐高鐵到廣州只需48分鐘，被不少網民質疑指政府違反香港法例第362章《商品說明條例》[89]中的「誤導性遺漏」[90]。政府後來在Facebook專頁中插圖上分別補上「不停中途站計算」和「廣州（南）站」字句。

2017年12月22日，通訊事務管理局回覆一地兩檢關注組，指就上述個案共接獲323宗投訴，經調查和考慮相關資料後裁定上述投訴理據不足，毋須向播放廣告的電視台採取行動[91]。

早於2013年已經有消息指出廣深港高速鐵路香港段工程延誤，惟港鐵一直否認，強調可以按照原定目標，即於2015年竣工及通車。2014年4月15日，港鐵公布耗廣深港高速鐵路香港段工程因為於同年3月30日發生的一場黑色暴雨，致使位於元朗區八鄉七星崗附近斜坡的泥土鬆脫，引致明渠堵塞、隧道水浸、浸壞巨型鑽挖機，嚴重禍及廣深港高速鐵路香港段工程，故此工程需要延遲9個月才能夠竣工。運輸及房屋局局長張炳良表示，對於港鐵的回應感到非常驚訝及失望。他指出，直至2013年年底，在港鐵定期提交的工程進展報告中，均評估廣深港高速鐵路香港段工程可以於2015年竣工，故此對於有關消息感到意外，他又表示，已經要求港鐵就廣深港高速鐵路香港段工程延誤提交全面評估報告，並且責成路政署署長作獨立審視[92]。

路政署前副署長劉正光表示，港鐵主導整項廣深港高速鐵路香港段工程，所有工程合約均是由港鐵與承建商簽署，路政署難以監管，只能夠倚靠港鐵提供信息。他表示，1990年代香港政府興建赤鱲角機場時，特別成立新機場工程統籌署，由香港政府主導統籌及協調所有工程事宜。有前廣深港高速鐵路香港段工程建築工人在電台節目中披露，於2013年已經知悉工程不可能如期完成，建築工人所接收的圖則及工序不時出錯，令到進度膠着，曾經一度每日只能夠進行兩至三小時工程。[93]《明報》報道，取得港鐵機密文件揭示，港鐵知悉西九龍總站工程需要至2016年6月才竣工，比較與香港政府簽訂合約時規定通車日期為2015年5月遲逾一年。為了趕工，港鐵不斷追加開支，文件清楚列出超支細項，包括因為圖則變動及地盤狀况而出現的工程變更等而需要額外耗資118億1千萬港元，包括因為追回延誤而趕工而耗資要30億港元等。2014年1月，港鐵評估預算將會進一步增加至684億元，比較半年前評估急升30億港元。[94]

2015年5月，最新的報告顯示，截至3月底，高鐵香港段的整體完成進度較預期滯後約5%，惡化及已經到了十分嚴峻的階段，路政署表示，對港鐵公司在2017年年底通車目標相當存疑，可能進一步延誤。[95]

此外，在西九龍總站地盤地底發現花崗岩亦為工程延誤的其中一個主要原因。[96]

港鐵獨立調查委員會就工程延誤於2014年10月28日公布第二份調查報告，兩名獨立海外專家與港鐵就工程落成時間表及造價估算出現分歧。專家評估，已經超支至715.2億港元的工程有67%機會進一步上升，亦有31%機會延遲至2017年後才竣工及通車，與港鐵評估有90%機會如期通車及不超支有重大出入。專家建議先增撥40億港元作為備用資金以應付可能的進一步超支。連同早前港鐵的超支預告，最後納稅人可能需要多付約百億港元。時任港鐵董事局主席錢果豐明言遲早需要向立法會申請追加撥款作為備用資金，承認港鐵當初對工程進度「偏向樂觀」。[97]

2015年5月，立法會交通事務委員會主席田北辰表示，港鐵內部估算高鐵超支逾200多億元，港鐵高層已要求工程人員盡量與承建商爭取壓低造價，預計高鐵最終成本會接近900億元。[98]

2015年9月，高鐵香港段工程一再超支延誤，造價飈升至853億元。正當港鐵及政府討論由誰找數之際，高鐵帳目已呈現警號。運房局最新數字顯示，高鐵工程累計開支首次超出已批出合約總值16億元；而承建商提出的未解決申索，半年內大增五成至174億元，意味港鐵及政府只是不斷「拖」。田北辰引述承建商消息稱，若政府及港鐵對額外撥款數目仍未有共識，不排除集體離場。[99]

2015年11月30日，港鐵公司與香港政府達成協議，高鐵香港段延至2018年第三季通車，政府將承擔和支付最多達844.2億元的項目造價，港鐵負責超支(如有)的部分。港府從港鐵派息可獲取約195億港幣的收益，而超支預算約為194億，兩者相若[100]。 此外根據計算廣深港高速鐵路香港段平均每公里的造價為台灣高鐵的7.3倍左右，此一明顯偏高極不合理的造價，令人高度質疑其中可能有人謀不臧的不法行徑。（台灣高鐵的每公里平均造價為每公里17.39億新台幣，而廣深港高鐵香港段每公里的平均造價經換算約為127億新台幣）

檢討報告臚列問題，由於廣深港高鐵香港段被揭發工程進度屢屢延誤及嚴重超支，香港行政長官梁振英於2014年委任夏正民法官聯同兩名工程專家組成獨立專家小組，就上述的種種問題作出檢討，並且提交報告。2015年1月30日，香港政府公布由獨立專家小組所提交的檢討報告，內容揭示工程中的三大不足，包括港鐵與香港政府於簽訂的委託協議條文上有所缺失，項目開展初期並無述明雙方責任；條款亦無訂明機制，讓香港政府可以在港鐵表現欠佳之時介入；批評港鐵在項目工程管理上有欠穩妥周全，在明知道存在技工短缺、施工計劃緊迫而且應急費用不足等等因素，以在在沒有施工計劃風險評估下仍然預計於2015年8月為通車時間是過於樂觀、港鐵工程團隊的匯報過於聚焦於個別工程合約的進度，而忽視了項目整體的進度監管，以致港鐵管理層和香港政府均接收了混亂和誤導性的資料，加上並無工程總綱計劃輔助監督，連政府部門亦都被蒙在鼓裡。此外，港鐵內部文化亦是累事原因，職員之間不鼓勵在未找到解決辦法前就將壞消息上報的想法，令到管理層無辦法即時察覺危機。另外，溝通失效令到問題雪上加霜，港鐵工程團隊每月向港鐵執行委員會或者路政署匯報進度時，未能夠清楚地闡述項目的延誤狀況，單單依賴工程總監個人判斷；報告同時指出，如此大型及複雜之項目，各持份者只利用簡單的口頭匯報或者書面報告溝通，是重大的失誤，匯報方式流於敍事、書面報告亦欠焦點。此外，報告抨擊路政署鐵路拓展處監管不力，未有做好監察及核證者角色，即使顧問多次警示項目可能延誤，卻仍然無實際行動；縱然曾經質詢港鐵，不過輕易相信對方保證，並無作出獨立判斷以至後續確認，甚至在工程延誤初期尚未向運輸及房屋局匯報，認為署方可以參與的部份有更多。

運輸及房屋局局長張炳良表示，將會聯同路政署跟進獨立專家小組的建議，詳細地研究日後推展鐵路項目時的協議模式、監察制度及架構安排上應該如何改進。港鐵表示，將會詳細地了解檢討報告之調查結果及建議，並且將會邀請獨立專家小組屬下兩位工程專家提供意見[101]。

截至2016年3月為止，高鐵由2010年1月動工至今，涉近600宗工業意外，4名工人死亡。死者分別是被硬物擊中、觸電或被車撞倒致命。有挖泥車司機因長時間工作患上坐骨神經痛，無法上班，但不獲賠償最終受傷患困擾而自殺。有關注工傷個案的團體批評高鐵工程的安全措施不理想，漠視工人職安問題。[102]

高鐵在2018年5月18日測試營運期間，米埔段隧道出現地下水滲漏，影響信號系統。港鐵承認事件，表示隧道不能做到百分百防水。運輸及房屋局局長陳帆表示港鐵事後已第一時間通知有關政府部門，同時敦促港鐵開誠佈公，盡早讓社會知道事件。[103]

2018年5月24日，有媒體報道高鐵列車試車後出現不正常的嚴重磨損，有鐵路工程人士估計列車可能在試車時經過部份彎位會緊急剎車，導致出現不正常磨損。港鐵證實高鐵列車車輪損耗程度較預計略多，強調車輪符合技術要求。[104]港鐵董事局主席馬時亨在5月26日回應指「唔覺得係好特別嘅情況」，反斥記者「需要咁多資料都無乜意思」，稱團隊有39年經驗，希望大家相信港鐵的管理層，他們說沒問題就是沒問題。[105]

首航當日不少列車進入香港段後都出現停駛停電情況，懷疑因同一時間及路段有多於供電系統承受上限的列車進入，觸發安全裝置。

由於上述問題及其他問題，不少列車晚點誤點。

現時高鐵的購票方式包括電話購票、站内人手處理、購票機和到中國官網12306，不過有旅客批評處理12306取票的櫃位太少，導致大排長龍，更有旅客未能取票，最終由職員帶領下經特別通道過關。現時，旅客如經中國大陸高鐵網站12306購票，需到西九站大堂的5個指定櫃位取票。港鐵表示會與中國鐵路總公司商討改善網上購票後的取票安排，如增加中國大陸訂購網的取票櫃位。

通車首幾日，港鐵臨時安排大量趕上車的旅客先無票入閘，再在內地口岸區內候車大堂的票務處取票。但在候車大堂卻有職員舉牌指乘客可直接前往閘口出示手機證明登車，有乘客指對此感到混亂。而在深圳北站，在入站口有設置告示，強調前往香港的旅客必須持有紙質車票。[106]

2018年9月29日，港鐵已於西九龍站B1層的票務大堂加裝8台12306自助取票機並投入服務，可讓以回鄉證或中國大陸身份證在12306網站訂票旅客自助取票，旅客使用取票機毋須支付手續費，並將再增加3個中鐵（香港）櫃位至合共10個櫃位[107][108][109]。

2023年1月15日復駛後，香港售票系統將由港鐵自家系統改為跟隨內地使用 12306 系統，並跟隨內地採用「電子票」模式，即乘客只需持證件即可入閘，不需換領車票。日前港鐵發佈西九龍站內相片時，站內港鐵售票機已換成類似內地車站款式的售票機。

有遊客批評港鐵對行李規限執法過嚴，比中國大陸鐵路站和香港國際機場要求更高[110]，深感不滿，惟中國大陸的動車車票背後的乘車需知，印上動車組的行李限制為長闊高總和130厘米（非動車160厘米），估計可能是中國大陸和香港的執法尺度不一。

在2018年8月，香港政府預計高鐵香港段在2018年平日的乘客量為72,500人次，周五至周日為78,100人次，高峰期為90,100人次，平均每日的乘客量為80,100人次。[111]惟根據入境事務處公布的西九龍站出入境人次數據，通車初期的中秋節假期及十一黃金周乘客量均沒有達標，乘客量最高的一日僅為80,020人次。[112]2018年10月7日，港铁公司宣布通车首15日广深港高铁香港段已接载约88万人次乘客往来香港西九龙站，平均每日5.87萬人次。[113]其後每日平均3.12萬至6.21萬人次。[114]

2020年1月起，受2019冠状病毒病疫情影響，高鐵香港段自2020年1月30日起暫停營運，至2023年1月15日才恢服列車班次，在逾7個月零客量下令高鐵營運出現嚴重虧損。運輸及房屋局證實，由政府全資擁有的九鐵公司，今年需按「乘客量上下限機制」補貼港鐵營運高鐵的虧蝕，但因雙方以商業原則營運為由，拒絕披露補貼金額。立法會議員田北辰估計，如政府補貼七成虧損，政府要承擔5000萬至6000萬元。[115]