南明

明崇禎十七年（1644年）正月，李自成在西安稱帝，建國「大順」，之後向北京進兵，三月十九攻克北京，崇禎皇帝朱由檢殉國，明朝宗室及遺留大臣多輾轉向南遁走。此时李自成的「大順」政權大体據有淮河以北原明朝故地，張獻忠於八月一日成立的「大西」政權則據四川一帶，清朝政權則據有山海关外的现今东北地区，且控制蒙古诸部落，而明朝的殘餘勢力則據有淮河以南的半壁江山。

此时明朝留都南京的一些文臣武將決計擁立朱家王室的藩王，重建明朝，然後揮師北上；但具体拥立何人则发生争议。根据“皇明祖训”，有嫡立嫡、无嫡立长，在当时明神宗长子光宗一脉（其後繼者是熹宗天啟皇帝和思宗崇禎皇帝）已无人能继位，而次子朱常漵甫生即死，三子朱常洵虽已被李自成所殺，但他的长子仍健在的情况下，按照兄終弟及的順序，第一人選為福王；而钱谦益等东林党人由於之前的「國本之爭」事件，心存芥蒂，违背了东林党在国本之争中的立场，以立贤为名擁立神宗弟弟朱翊镠之子潞王朱常淓[參⁠ 15][參⁠ 16]；史可法则主张既要立贤也要立亲，拥立神宗七子桂王朱常瀛。但最终福王在卢九德的帮助下，获得了南京政权主要武装力量江北四镇高杰、黄得功、刘良佐和刘泽清，以及中都凤阳总督马士英的支持，成为最终的胜利者。五月初三，監國于南京，五月十五(1644年6月19日)日即皇帝位，改次年為弘光，是為明安宗。南明時代自此開始。弘光帝的基本國策以「聯虜平寇」為主，謀求與清軍連合，一起消滅以李自成、张献忠为代表的農民軍。

明朝南渡前後，大顺已被多爾袞與吳三桂的聯軍击溃，李自成先后丢失北京和西安，退往湖北。弘光元年（1645年）三月，多尔衮将军事重心东移，命多铎移师南征。此时弘光政權內部正進行著激烈的黨爭，爆发太子案，駐守武昌的左良玉不愿与李自成正面交战，以「清君側」为名，順长江東下争夺南明政权。馬士英被迫急調江北四鎮迎擊左軍，致使面对清军的江淮防線陷入空虛。史可法时在揚州虽有督師之名，却实无法调动四镇之兵。一月之中，清軍破徐州，渡淮河，兵臨揚州城下。四月廿五，揚州城陷，史可法不屈遇害。隨後，清軍渡過長江，攻克鎮江。弘光帝出奔蕪湖。五月十五众大臣獻南京投降清兵；五月廿二弘光帝被虜獲，送往北京處死，弘光帝在位仅一年，即覆滅。

南京失陷後，又有杭州的潞王朱常淓（1645年）、金陵的崇禎太子朱慈烺（可能是貌似太子的王之明。1645年）、撫州的益王朱慈𤆃（1645年）、福州的唐王朱聿鍵（1645－1646年）、紹興的魯王朱以海（1645－1653年）、桂林的靖江王朱亨嘉（1645年）等監國政權先後建立，其中唐王朱聿鍵受鄭芝龍等人在福州擁立，登極稱帝，改元隆武，是為明紹宗。這時清朝再次宣佈薙髮令，江南一帶掀起了反薙髮的抗清鬥爭，清軍後方發生動亂，一時無力繼續南進。但南明內部嚴重的黨派鬥爭與地方勢力跋扈自雄，且隆武帝與魯王政權不但沒有利用這種有利形勢，發展抗清鬥爭，反而在自己之間為爭正統地位而形同水火，各自為戰，所以當1646年清軍再度南下時，先後為清軍所各各擊滅。魯王在張煌言等保護下逃亡海上，在沿海一帶繼續抗清；隆武帝則被清軍俘殺。

11月，在廣州和肇慶又成立了兩個南明政權：隆武帝之弟唐王朱聿（1646年）繼位於廣州，改明年为紹武元年；桂王朱由榔（1646－1662年）稱帝於肇慶，改元永曆，是為明昭宗。紹武、永曆二帝也不能團結，甚至大動干戈，互相攻伐。紹武政權僅存在40天就被清軍消滅。揭陽的益王朱由榛（1647年）、夔州的楚王朱容藩（1649年）稱監國與永曆帝爭立。鄭成功也在南澳一度立淮王朱常清（1648年）為監國，後廢。永曆帝在清軍進逼下逃入廣西。

1648年，米喇印[參⁠ 17]和丁国栋这两位驻守于甘州的回族将领因对于清朝的一系列“重满轻汉”以及歧视回民的政策不满，于是起兵反清，并拥立延长王朱识𨩴为帝。[參⁠ 18]他们得到了哈密總督巴拜汗和他的儿子土倫泰王子的支持。[參⁠ 19][參⁠ 20][參⁠ 21]同时，这些忠于明朝的穆斯林也与汉族人和藏族人联合了起来。[參⁠ 22]经过激烈的战斗和谈判，双方在1649年达成了和平协议，米喇印和丁国栋宣誓效忠清朝，并被授予清朝的官职。[參⁠ 23]然而不久之后，中国南方的其他明朝效忠者再次起义，清军被迫从甘肃回撤与之作战，米喇印和丁国栋也再次反叛。[參⁠ 24]叛军随后被清政府镇压，包括米喇印、丁国栋和土伦泰在内的10万人在战斗中丧生。

儒家回族穆斯林学者马注为南明保皇党效力，反抗清朝统治。[參⁠ 25]明朝桂王朱由𣜬在回族难民的陪同下，从湖广逃到云南缅甸边境，这些回民为了彰显其反抗清和效忠明朝，他们大多改姓“明”。[參⁠ 26]

正當南明政權一個接一個地覆亡，形勢萬分危急之際，大順農民軍餘部出現在抗清鬥爭最前線，挽救了危局。自李自成于1645年战死于九宫山後，他的餘部分為二支，分別由郝搖旗、劉體純和李過、高一功率領，先後進入湖南，與明湖廣總督何騰蛟、湖北巡撫堵胤錫聯合抗清。1647年，郝搖旗部護衛逃來廣西的永曆帝居柳州，並出擊桂林。年底，大敗清軍於全州，進入湖南。次年，大順軍餘部又同何騰蛟、瞿式耜的部隊一起，在湖南連連取得勝利，幾乎收復了湖南全境。這時，廣東、四川等地的抗清鬥爭再起，清江西提督金聲桓、清广东提督李成棟、清广西巡抚耿献忠、清大同总兵姜镶、清延安营参将王永强、清甘州副将米喇印先後反正回归明朝，清軍後方的抗清力量也發動了廣泛的攻勢。一時間，永曆政權名义控制的區域擴大到了雲南、貴州、廣東、廣西、湖南、江西、四川七省，还包括北方山西、陕西、甘肃三省一部以及东南福建和浙江两省的沿海岛屿，出現了南明時期第一次抗清鬥爭的高潮。

但永曆政權內部仍然矛盾重重，各派政治勢力互相攻訐，農民軍也倍受排擠打擊，不能團結對敵，這就給了清軍以喘息之機。1649－1650年，何騰蛟、瞿式耜先後在湘潭、桂林的戰役中被俘杀，清軍重新佔領湖南、廣西；其他剛剛收復的失地也相繼丟掉了。不久，李過之子李來亨等農民軍將領率部脫離南明政府，轉移到巴東荊襄地區組成夔東十三家軍，獨立抗清。這支部隊一直堅持到1664年。

綜觀1645－1651年間，南明軍與清軍作戰中，敗多勝少，大批南明的軍隊先後降清。先後丟失了江蘇、安徽、浙江、江西、福建、兩廣、兩湖等等領地，地盤盡失。直到以孫可望為主的大西軍加入，再次改變了整個局勢。

張獻忠于1646年战死後，以其义子孫可望、李定國、刘文秀、艾能奇等人為主的大西軍残部自1647年進佔雲南、貴州二省。1652年，南明永曆政权接受孫可望和李定國的聯合抗清建議，定都安龙。不久，以大西军餘部为主体的南明軍對清軍展開了全面反擊。李定國率軍8萬東出湖南，取得靖州大捷，收复湖南大部；随后南下广西，取得桂林大捷，击毙清定南王孔有德，收复广西全省；然后又北上湖南取得衡阳大捷，击毙清敬谨亲王尼堪，天下震动。同時，劉文秀亦出擊四川，取得叙州大捷、停溪大捷，克復川南、川东。孙可望也亲自率军在湖南取得辰州大捷。東南沿海的張煌言、郑成功等的抗清軍隊也乘机發動攻勢，接连取得磁灶大捷、钱山大捷、小盈岭大捷、江东桥大捷、崇武大捷、海澄大捷的一连串胜利，並接受了永曆封號。一時間，永曆政權名义控制的區域恢复到了雲南、貴州、廣西三省全部，湖南、四川两省大部，廣東、江西、福建、湖北四省一部，出現了南明時期第二次抗清鬥爭的高潮。

之后，劉文秀於四川用兵失利，在保宁战役中被吳三桂侥幸取胜。而孫可望妒嫉李定國桂林、衡州大捷之大功，逼走李定國，自己统兵却在宝庆战役中失利。东南沿海的郑成功也在漳州战役中失利。所以明军在四川、湖南、福建三个战场上没能扩大战果，陷入了与清军相持的局面。之後李定國與鄭成功聯絡，於1653年、1654年率軍兩次進軍廣東，約定与鄭會師廣州，一舉收復廣東，但鄭軍屢誤約期，加上瘟疫流行，导致肇庆战役和新会战役没能成功。但郑成功部队并没有闲着，1656年，郑军取得泉州大捷，1657年又取得护国岭大捷。

永曆十年（1656年），孫可望祕謀篡位，引發了南明內部一場內訌，李定國擁永曆帝至雲南，次年大敗孫可望，孫可望勢窮降清。孫可望降清後，西南軍事情報盡供清廷，雲貴虛實盡為清軍所知。永曆十二年（1658年）四月，清軍主力從湖南、四川、廣西三路進攻貴州。年底吳三桂攻入雲南，次年正月，下昆明，進入雲南，永曆帝狼狽西奔，進入緬甸（東吁王朝）。李定國率全軍設伏於磨盤山，企圖一舉殲滅敵人追兵，結果因內奸洩密導致未能大獲全勝，南明軍精銳損失殆盡，此即磨盤山血戰。這時鄭成功趁清軍主力大舉攻擊西南之際，率領十餘萬大軍北伐，接連取得定海關大捷、瓜州大捷、鎮江大捷的勝利，一度兵臨南京城下，然而鄭軍中了清軍緩兵之計，最終失敗，撤回廈門。清軍派大軍圍攻廈門，企圖一舉殲滅鄭成功，但鄭成功沉著應戰，取得廈門大捷的勝利，穩定了東南沿海局勢。永曆十五年（1661年），吳三桂率清軍入緬威逼東吁王朝國王平達力（莽達）交出永曆帝，十二月莽達終屈服交人，次年四月永曆帝與其子哀愍太子朱慈煊等被吳三桂處死于昆明。七月，李定國在勐腊得知永曆帝死訊，不久即於憂憤中病逝。而同年五月，鄭成功亦於臺灣急病猝逝。

兩年後，大陸最後殘存的夔東十三家亦為清廷所剿滅，孤懸海外的明鄭亦未再擁立皇帝或朱氏監國，而是繼續奉永曆為正朔。1683年，延平郡王鄭克塽降清，寧靖王朱術桂自殺殉國，大明最後一個政權正式覆滅。

崇禎十七年正月初一日（1644年2月8日），李自成在西安稱帝，建國「大順」，之後向北京進兵。[參⁠ 27]崇禎十七年三月十九日（1644年4月25日）攻克北京，崇禎帝朱由檢自縊殉國，明朝宗室及遺留大臣輾轉向南走，他們打算和明朝留都南京一些文臣武將試圖擁立明朝宗室的藩王，重建明朝，然後揮師北上，恢復家國。[參⁠ 28][參⁠ 29]此時李自成的大順政權大體據有秦嶺、淮河以北的明朝故地[參⁠ 30]，張獻忠成立的大西政權則據四川一帶[參⁠ 31]，清朝政權則據有山海關外的現今東北地區，且控制蒙古諸部落[參⁠ 32]，而明朝的殘餘勢力則據有淮河以南的半壁江山[參⁠ 33]。

1644年5月，崇禎帝驾崩的消息传到南京，而太子朱慈烺的下落不明。[參⁠ 34]由于清军很快就要南下入关，宫廷官员很快就同意，需要一位帝国人物来凝聚来自地方官员忠诚的支持。6月初，福王朱由崧宣布开始领导新的明朝政府。[參⁠ 35][註⁠ 1]当他到达南京附近时，他已经得到了马士英和史可法的支持。[參⁠ 36]他于6月5日进城，次日宣布“监国”。[參⁠ 37]在一些朝廷官员的催促下，福王朱由崧立即开始考虑即位。[參⁠ 38]一开始，监国的福王由于被指责在儒家道德方面的名声有问题，因此东林派的一些成员建议将潞王朱常淓作为替代品。其他官员指出，监国的福王显然是更妥当的选择。无论如何，所谓的“正气”派并不热衷于与6月17日带着大舰队抵达南京的内阁首辅马士英发生对抗。.[參⁠ 39]崇禎十七年五月十五日（1644年6月19日），福王朱由崧在南京称帝，是为弘光帝。[參⁠ 39][參⁠ 40]以明年為弘光元年。[參⁠ 41]

弘光政权的基本国策以“联虏平寇”为主。其对手有两个：大顺的农民军与清军。由于弘光政权兵力有限，不两线作战难度很大。因此，不是联寇抗清，就是“联虏平寇”，二者必居其一。弘光则是采取联虏平寇的政策。史可法与马士英都是“联虏平寇”方针的赞决者。[參⁠ 42]。

由于内阁首辅马士英是皇帝的主要拥护者，他开始通过恢复剩余太监的职能来垄断朝廷的行政管理。这导致了重新猖獗的腐败和非法的政治交易。此外，马士英与隶属于东林运动的史可法进行了激烈的政治争吵。

这时弘光政权内部正进行着激烈的党争，爆发太子案[註⁠ 2]，驻守武昌的刺史左良玉不愿与李自成正面交战，以“清君侧”为名，顺长江东下争夺南明政权。面对此种危急时刻，马士英宣称：“我和皇上宁可死在大清之手，也不愿死在左良玉之手。”此时，清军开始南下，占领徐州，准备渡淮。尽管如此，马还是命令石指挥他的江边部队（准备对抗清军的进攻）对付左良玉。

弘光政权军队的这种作战方向客观上促使清军攻占扬州。这导致了1645年5月的扬州大屠杀和史可法被清军所杀，也直接导致了南京弘光政权的灭亡。6月1日，清军渡过镇江附近的长江后，皇帝逃离南京。由多铎率领的清军立即向南京进发，弘光元年五月十五日（1645年6月8日）眾大臣獻南京投降清兵；[參⁠ 43]弘光元年五月二十二日（1645年6月15日），弘光帝被清兵虜獲，并于弘光元年五月二十五日（1645年6月18日）被带回南京。[參⁠ 44]弘光帝后来被送往北京，隆武二年五月十九日（1646年7月1日）被處死，弘光帝在位僅一年，即覆滅。[參⁠ 44][參⁠ 45]

南京失陷後，又有杭州的潞王朱常淓（1645年）、撫州的益王朱慈𤆃（1645年）、福州的唐王朱聿鍵（1645－1646年）、紹興的魯王朱以海（1645－1653年）、桂林的靖江王朱亨嘉（1645年）等政權先後建立，其中以魯、唐二王政權較有實力。[參⁠ 46][參⁠ 46][參⁠ 47]

弘光元年（1645年）五月，唐王朱聿鍵赴廣西平樂途中，在蘇州得知清軍已攻陷南京，俘虜了明弘光帝，朱聿鍵遂至嘉興避難。弘光元年六月初十日（1645年7月3日），朱聿鍵至杭州，遇到潞王朱常淓，奏請其監國，不聽；請朝陳方略，不允。當時鎮江總兵官鄭鴻逵、戶部郎中蘇觀生至杭州，與朱聿鍵談及國難，泣下沾襟。後朱聿鍵被鄭鴻逵護送，前往福建。途中在浙江衢州聞得潞王朱常淓已在杭州降清，於是南安伯鄭芝龍、巡撫都御史張肯堂，與禮部尚書黃道周等商議，奉朱聿鍵為監國。弘光元年六月二十八日(1645年7月21日），朱聿鍵在福建建寧，以唐王的身分監國。弘光元年閏六月初七日（1645年7月29日），抵達福州，以「南安伯府」為行宮。弘光元年閏六月二十七日（1645年8月18日），朱聿鍵於福州稱帝，是為明紹宗。宣布從七月初一日起，改弘光元年為隆武元年。遙尊朱由崧為「上皇聖安皇帝」。

當時，在紹興還有魯王朱以海建立的小朝廷，也自稱「監國」。清軍攻紹興，魯王朱以海派信使赴福州，向隆武帝朱聿鍵求援兵。信上稱朱聿鍵為「皇伯父」，而未稱「陛下」，朱聿鍵怒，令殺魯王信使。

1646年2月，清軍從魯王政權手中奪取了錢塘江以西的土地，並在江西東北擊敗了代表明隆武帝的一支明軍。同年五月，清軍圍攻江西最後的明軍堡壘贛州。7月，清將博洛率領清軍攻滅紹興的魯王政權，開始進攻福州的隆武政權。鄭芝龍逃往沿海。1646年9月下旬，明隆武帝以解除贛南圍城為藉口，離開福州，清軍追上。隆武二年八月二十八日（1646年10月6日），汀州遭清軍攻陷，明隆武帝遇害身亡。鄭芝龍投降清朝，其子鄭成功繼續抗清。

南明政权在广东时于1650年所铸铁炮（藏于香港海防博物馆）

隆武帝朱聿键死后，朱聿在隆武二年十一月初五（1646年12月11日）被大学士苏观生及广东布政使顾元镜等在广州拥立为帝，年号绍武，后世史学家称之为绍武政权，与肇庆的永历帝朝廷互相抗衡。[參⁠ 48]由於官服短缺，朝廷不得不從當地的粵劇劇團購買伶人戲服。[參⁠ 48]隆武二年十一月十八日（1646年12月24日），桂王朱由榔稱帝於廣東肇慶，改元永曆，是為明昭宗。[參⁠ 48]紹武、永曆二帝也不能團結，甚至大動干戈，互相攻伐到隆武二年十二月十五日（1647年1月20日），由清朝將領李成棟率領的清軍攻陷廣州，紹武帝自縊而死，紹武政權僅存在40天就被清軍消滅，永曆帝在清軍進逼下逃入廣西南寧。[參⁠ 49]

永曆帝嫡母孝正皇太后王氏致教宗的信件，由卜彌格翻譯成拉丁文

李成棟在1647年鎮壓了廣東更多的抵抗運動，但在1648年5月叛變反清，因为他不滿被任命为他征服的省份的唯一地區指挥官。[參⁠ 50]江西另一名前明將軍的同時叛亂幫助永曆政權重新奪回了中國南部的大部分地區，讓清政府只控制了廣東和江西南部的一些飛地。[參⁠ 51]但是這種忠誠者希望的復甦是短暂的。1649年和1650年，清军設法重新征服湖廣、江西和廣東等中部省份。[參⁠ 52]永曆皇帝逃往南寧，並從那裡逃往桂州。[參⁠ 52]1650年11月24日，尚可喜在圍城十个月後占領廣州，屠殺全城人口，殺害多達7万人。[參⁠ 53]

儘管在攝政王多爾袞（1612-1650）的領導下，清朝成功地將南明擊退至中國的西南地區，但對明朝效忠的將領並未消亡。1652年8月上旬，李定國曾在農民軍領袖、大西皇帝張獻忠（死於1647年）手下擔任四川將軍，現在保護永曆帝，從清朝手中奪回桂林。[參⁠ 54]一個月内，大部分支持清朝的廣西地區的軍閥又回到明朝一方。[參⁠ 55]儘管在湖廣和廣東的軍事行動偶爾會取得成功。在接下来的兩年里，李定國未能奪回重要城市。[參⁠ 54]

1653年，清廷派洪承疇負責收復西南。[參⁠ 56]總部設在長沙，他耐心地建立自己的力量；直到1658年底，清軍重整軍備才開始多管齊下攻占貴州和雲南。[參⁠ 56]1659年1月下旬，信親王多尼率領的清軍攻占首都昆明（滇都），永曆帝逃往附近的緬甸東吁王朝，由彬德萊收留。[參⁠ 56]永曆帝在此逗留至1662年，永曆十六年四月十五日（1662年6月1日），永曆帝與其子哀愍太子朱慈煊等被吳三桂處死於昆明。[參⁠ 57]

康熙元年( 1662 )，清政府组织四川、陕西、湖北三省力量围剿夔东十三家。各路清兵约20万分别在李家店、长坪等地与李来亨、郝摇旗等激战。到康熙三年( 1664 )，清军四面合围李来亨的据点茅麓山，昼夜环攻。李来亨见势已败，焚其妻子，自缢而死。

顾诚认为夔东抗清基地的被摧毁，应当视为南明史的结束。理由是，永历帝虽然在两年以前被俘杀，以明朝为正朔的夔东抗清复明运动仍在继续，他们有永历朝廷委派的全权代表，有相当可观的旗帜鲜明的军队，有地方政权，维护和行使明朝的制度。

南明永曆十一年（1657年，清順治十四年），反抗清军的各级将领官兵聚集在福建，选择北伐目标。郑成功选择收复南京——这是洪武皇帝朱元璋建国时选择的都城，自然会有大量的反清人口。南京同时也是一个重要的战略要地。永曆十二年（1658年，清順治十五年）五月，郑成功率领10万陆军、290只船舰组成的水师，与驻军于浙江东部海域的张煌言将军会师一同攻打南京，留下一小部分兵力保卫厦门。

尽管郑成功通过突袭夺取了大量郡县，但他依然传令给清军首领在南京和清军决战，这提前给清朝准备充足的时间，因为他想要像他父亲郑芝龙成功对荷兰的明荷料罗湾海战一樣，和清军一决雌雄。这种决策导致郑成功丢掉了能够发动突袭的主动权。根据1671年一位法国传教士的记载，郑成功如果对清朝占领的南京发动进攻，将切断京杭大运河的补给线，可能导致北京出现饥荒，从而迫使满族人考虑返回满洲并放弃中国的中原地区。[參⁠ 58]北京和南京的平民和官员都在等待获胜的一方。从一位北京的官员给自己家人和相识的另一名在南京的官员往来的信件中可以看到，这位北京的官员在信中称南京和北京之间的一切往来都已经被切断，由于郑成功及其军队在南京附近大规模且成功的军事活动，清朝政府打算放弃南京和北京，将首都撤离到很远的地区，这反映了清朝北京政府所感受到的严峻形势。这位官员告诉他在南京的孩子们准备投奔郑成功，而他自己也正准备投奔郑成功。郑成功的部队截获了这些信件，读了这些信件后，郑成功可能开始后悔自己故意拖延以准备与清军的决战的决定，而不是迅速进攻南京。[參⁠ 59]郑成功的军队经过台州，临海，定海｜舟山，镇江[註⁠ 3]，与另一位司令员张环炎汇合共同进攻南京。大军进入长江在羊山岛附近海域发生了飓风，造成了8000多人的损失，40多艘军舰沉没，所有船只都受到了不同程度的损失。郑成功下令暂时停止军事推进，并下令维修和整修舰队，等待合适的攻击时机。清政府要求加强崇明岛、福建山区[註⁠ 4]、泉州和镇江周边的防御，在江面上铺设一条长长的铁链，并建造木筏驻扎士兵和大炮。郑成功命令士兵用斧头砍断铁链，并放火烧敌人的木筏。当郑成功与张煌言在长江附近汇合时，清军的防御力量的抵抗是最小的，很快就攻克了南京。

然而，他却落入了清军的陷阱伏击，相当一部分将领也战死在了沙场上。在进攻南京时，郑成功的明朝效忠者与占多数的汉族旗人清军作战，从8月24日开始，郑成功对南京的围攻持续了近三个星期。郑成功的军队无法维持完全包围，这使南京城能够获得补给甚至增援——尽管针对南京城的守城清军的骑兵攻击甚至在增援到达之前就成功了。郑成功的部队被击败并“退回”（Wakeman的短语原文为“slipped back”）到带来他们的船只上。[參⁠ 60]在南京惨败后，郑成功最终决定撤回厦门。因为南京之战后郑成功再也没有和清军进行大规模作战，因此中国历史学家得出结论，南京之战的失败是郑成功一生中最重要的一战，原因被视为南京之战严重破坏了他宏伟的反清决心。

荷兰与郑成功签署条约，荷兰正式投降于郑成功，并撤离台湾岛

随后，郑成功决定从荷兰手中攻取荷屬福爾摩莎。他于1662年发动了热兰遮城围攻[註⁠ 5]，打败了荷兰人并把他们赶出台湾。然后他在前荷兰殖民地的遗址上建立了明郑政权[1]。追随郑成功前往台湾的明朝皇室成员包括宁靖王朱术桂和朱弘桓（监国鲁王朱以海的儿子）。朱术桂以逝去的永历帝朱由榔的名义行事。郑成功则以"延平王"的身份实际上统治着大員。[參⁠ 61]

明郑的垦拓台湾，从多方面进行，荷领时代的王田，收为官有，称为官田，耕种的农民成为政府的佃户；郑氏宗堂、文武官员以及民间富豪，自己招佃开垦，称为私田，又称文武官田；军队就所驻之地，自耕自给，称为营盘田。这时的农作物，仍然以稻、蔗两项为主，由于明的农业以充实军粮为主，和荷兰人重视商业利益不同，稻作较蔗作更为重视，因此水利建设较荷领时代为多，但这些水利建设的规模都很小，耕作方式也很粗放，一年只栽培一季稻。垦拓的范围，仍然承荷领时代之旧，以台南及其南北为重心，但是向南至屏东以南，向北至台中以北，也都以零散的垦拓据点存在。

郑成功的儿子郑经继续持续抗清活动。1670年，日本人和中国人相继在济州岛发现一艘搁浅的船只。经过调查，这艘船属于明郑政权，原本准备驶往日本长崎。当时的日本德川幕府由于严格执行闭关锁国政策，因此会对来往于日本唯一开放的港口之一——长崎的船只进行严格调查和监视，因此被外界认为这艘船能够来往于锁国的日本，一定是得到了德川幕府的暗中支持（就像在明嘉靖年间的“倭寇”一样）。外界认为是因为德川幕府是允许日本人加入明郑政权以便帮助他们对抗清政府。一方面，德川幕府面对在国内持续制造麻烦的流浪武士，迫切希望让这些武士们转移注意力到其他地方以避免对德川幕府造成威胁；另一方面，由于清朝政府对朝鲜的征服，日本十分担心清军会渡海进攻日本，于是主张让日本流浪武士去支持对抗清朝政府的势力，在台湾岛的明郑政权无疑是很好的选择。反对荷兰的越南阮主政权（在今越南中部）也愿意和在台湾的明郑政权进行贸易，以获得资金对抗荷兰人和在东京（今越南河内）附近的郑主政权。与阮主政权贸易的同时，明郑政权也和对立的郑主政权进行贸易，因为郑主政权曾经给予郑成功援助其收复台湾。[參⁠ 62]

清政府表示：只要郑经收编部队，放弃台湾岛上的据点回到大陆，清政府可以派遣使者与郑经谈判。[參⁠ 63]郑经表示自己打算在台湾岛和附近的海域继续建立中华，把大陆留给清政府，1667年，郑经派遣的一名贸易官员陈德接受了朝鲜人的招待[參⁠ 64]，席间陈德告诉迎接他的朝鲜官员：“大明已经在茫茫波涛中安稳下来……（大明）正在一块远离清国的土地上重新树立统治”。[參⁠ 65][註⁠ 6]

郑泰叛逃到清朝，与郑经和郑鸣骏[註⁠ 7]就长崎唐通事办事处（专门用于处理与中国贸易的外交兼翻译部门）中的30万两白银的存款发生争执。[參⁠ 66]1673——1681年的“三藩”之乱中，郑经在接受了耿精忠的战船之后，开始渡海西征，对清朝发动了新的攻势，并夺回了福建的部分土地。[參⁠ 67]郑泰在北京的亲属再次叛逃打算回到郑经身边。郑经重启反清的军事行动之后，德川幕府重新和郑经谈判，解决了郑泰和郑经之间的白银纠纷，将银子交给了郑经。[註⁠ 8]加入明郑政权的日本武士帮助明郑看守台湾北部的基隆岛，郑经也从长崎购买了更多的武器、剑和大炮。[參⁠ 68]

1681年鄭經病逝之後，明鄭政權出現動盪，監國世子鄭克𡒉被馮錫范殺害，立次子鄭克塽為延平王[2][3]。1683年，施琅領清軍攻下澎湖，寧靖王朱術桂自盡殉國[4][5]。幼主鄭克塽出降，康熙皇帝授予他"正黄旗汉军公"稱號，他和他的士兵們被納入汉军八旗。[參⁠ 69][參⁠ 70][參⁠ 71]为了安抚台湾子民，清朝政府把仍住在台湾的17位明朝宗室子孙送回中国大陆并在那里度过了余生。[參⁠ 72]

明代中期以後江南经济的发达，造就了南方戲曲的蓬勃发展。至明清之際江南城市與農村經濟雖已衰退，但因未遭流寇之亂，離北方又遠，新聞傳播之訊息遲緩，使士大夫與富室未覺世局已岌岌可危，而依舊樂衷於演戲。而百姓則面臨空前之災荒與時疫，只得透過演戲的方式以祈神禳災，並藉此抒發心中的不安全感，祭祀演劇的盛行遂成為普遍的現象，也使江南戲劇維持不墜。清軍南下時江南縱使有戰亂造成部份地區演劇短時間的中斷，然不久即恢復舊觀，故演劇之風仍持續，尤其是蘇州曲派的形成，造就了崑曲的另一高峰。[參⁠ 73]此時湧現了諸如《桃花扇》等經典的文學作品。

明清易代的過程中，橫渡大洋遠道而來的天主教傳教士們為了為了保存在中國的傳教工作，分別和當時的三大割據勢力——滿清、農民軍以及南明朝廷合作。南明朝廷中的天主教官員更是數不勝數，畢方濟、瞿紗微、卜弥格都是南明朝廷的中流砥柱，幫助南明歷任政權和澳門葡萄牙當局建立聯繫。永曆帝还派出卜弥格神父作為使者，希望他能完成借兵歐洲的目標，1651年卜弥格自澳門乘船出發前往歐洲，歷經兩年時間到達了羅馬教廷。[參⁠ 74]

• 《臺灣文獻叢刊》系列叢書：中華民國中央研究院
• 百衲本二十四史之《明史》：中華民國商務印書館
• 《明實錄》、《明會典》、《明會要》：中華書局
• 《皇明寶訓》：齊魯書社
• 《李朝實錄》

• 《南明史》：钱海岳，中華書局，2004年版（全十四冊）原抄本藏南京圖書館
• 《石匱書》、《石匱書後集》：張岱，上海古籍出版社，2007年版（全三冊）影印，原抄本藏南京圖書館
• 《爝火錄》：李天根，中華書局
• 《國榷》、《棗林雜俎》：談遷，中華書局
• 《明季北略》、《明季南略》：計六奇，中華書局
• 《南疆繹史》：溫睿臨、楊鳳苞等，中華書局
• 《東南紀事》、《西南紀事》：邵廷采，江蘇古籍出版社
• 《罪惟錄》：查繼佐，齊魯書社
• 《弘光實錄鈔》：黃宗羲，廣陵書社
• 《韃靼征服中國史、韃靼中國史、韃靼戰紀》：衛匡國，商務印書館

• 《三垣筆記》：李清
• 《甲乙事案》：文秉
• 《鹿樵紀聞》：吳偉業
• 《滇黔紀聞》：方孝標
• 《日下舊聞》：朱彝尊
• 《嶺海焚余》：金堡
• 《廣東新語》：屈大均，中華書局（尚有《四朝成仁録》列入廣東叢書，余多焚於四庫）
• 《廣陽雜記》：劉獻廷，中華書局

• 《張蒼水集》（含《奇零草》、《北征錄》）：張煌言，民國四明叢書
• 《皇明經世文編》、《陳忠裕集》：陳子龍
• 《楊嗣昌集》，岳麓書社
• 《錢澄之集》（含《所知錄》），黃山書社
• 《顧亭林集》：顧炎武，上海古籍出版社（出版中）
• 《船山遺書》（含《永暦實錄》《宋論》），王夫之
• 《幸存錄》：夏完淳
• 《南山集》：戴名世
• 《鮚埼亭集》：全祖望
• 《朱舜水集》：朱之瑜，日本水戶門人所編

• 《揚州十日記》：王秀楚，廣陵古籍刻印社，1995年
• 《丹午筆記．吳城日記．五石脂》，江蘇古籍出版社，1999年
• 《明末江陰守城紀事》，上海古籍出版社，2007年

• 《明史稿》：萬斯同、王鴻緒 等，商務印書館
• 《清史列傳》：柯紹忞、趙爾巽 等，中華書局
• 《明史紀事本末》：谷應泰，中華書局
• 《三藩紀事本末》：楊陸榮，中華書局
• 《續明紀事本末》：倪在田 輯，四庫焚書
• 《小腆紀年》《小腆紀傳》：徐鼒，中華書局