土土呂站

現時採用簡易車站模式運作。第一代站房為木建站房，早於1970年代被拆去，並換成現時的模式。第二代站房只有候車室一座，以木板搭成，配上兩邊玻璃窗及趙門，屋頂以鐵皮覆蓋，並用鐵架伸延至車站入口。鐵架頂部釘上了國鐵時代形式的月台站牌。至於候車室對面則為簡易式洗手間一座。2021年時改裝，成為男、女獨立式洗手間，但仍然是採用簡易式設計。

候車室最近一次翻新大約於2018年的下半年，包括重新為候車室塗漆、更換候車室大間、照明設備及候車座椅及重置建物財產標；而洗手間為2021年，主要是加裝大門、標示男、女專用標示。

候車室內並未有裝設自動售票機，乘客登車時需在列車上拿取乘車劵。進站後，可走上兩級樓梯或利用旁邊的無障礙斜道到達1號月台。

設有2個側式月台，月台之間以行人天橋連接。當中2號月台為主線，供特急列車通過。1號月台為側線，供所有上行及絕大部份的下行普通列車停靠，2021年時間表改正起，每天只有2班列車因着交會而使用2號月台，亦只安排下行的列車停靠2號月台。正因為絕大部份的普通列車班次都使用1號月台，大致也可符合供殘疾人士使用的需要。

各月台全長120米，有效長度為6輛，也是全露天規格。2號月台上則有一座木建的候車亭，並設有2張四獨立座位的塑膠座椅。

1號月台向延岡方向的末端設有原貨物列車停靠的頭端式側線1條，另靠近民居一邊亦建有供保線車輛停泊的車庫及另一條側線，全部都接駁至1號路軌後才再和2號路軌匯合。

• 清本鐵工總部、延岡工場
• SENKO延岡分店
• 宮崎職業能力開發促進中心延岡訓練中心（愛稱：Polytech中心延岡）
• 延岡地域職業訓練中心
• 土土呂郵局
• 土土呂漁港
• 延岡市伊形分所
• 土土呂巴士巴士站 - 宮崎交通
• 國道10號

• 東九州駕駛學校
• 延岡市立土土呂小學